封建时代
公元252年，高加索阿尔巴尼亚沦为波斯萨珊王朝的一个附庸国，在公元4世纪，高加索阿尔巴尼亚Urnayr国王正式采用基督教为国教。尽管高加索阿尔巴尼亚受萨珊统治，但在公元9世纪前仍保持了半独立的状态。在并且高加索阿尔巴尼亚为完全受控于萨珊后也仍保留了君主制。随着伊斯兰的倭马亚王朝的崛起和伊斯兰对波斯的征服，逐渐控制了高加索地区。高加索阿尔巴尼亚的信奉基督教的王子Javanashir与倭马亚王朝哈里发摩栧（Muaviya）会过两次面。在第一次会面（667年）期间，哈里发摩栧答应了Javanashir希望减轻他国内的重税负担的请求以及察觉到Javanashir在这个地区极具权威，高加索阿尔巴尼亚虽然成为了哈里发的附庸国，但在国家内政上保持了独立。倭马亚之后的哈里发国阿拔斯王朝（黑衣大食）因后期的衰落而导致了权力的真空，出现了马木留克王朝、萨吉达王朝、萨拉里王朝、白益王朝等众多的地方政权。11世纪初，阿塞拜疆境内受到来自中亚的突厥人部落的侵占。由这些突厥人建立的为第一个王朝为塞尔柱帝国，在1067年领土扩张到今天阿塞拜疆所在的地区。
在这些突厥人（或土耳其人）到来之前，生活在现在阿塞拜疆的这个地区的人们说几种印欧语系、东北高加索语系（在东北部的）的语言，其中亚美尼亚语和伊朗语支的一种被称作老阿赛瑞语渐渐地被一种突厥语，即今天的阿塞拜疆语的早期形式所取代。为了辨明这一支伊朗语是来自土耳其阿塞拜疆语还是阿赛瑞语，它被划归为阿赛瑞语（或老阿赛瑞语），因为突厥语和突厥人在波斯语中也被划归为“阿赛瑞”类别。然而，一些语言学家将伊朗阿塞拜疆和阿塞拜疆共和国内的那些高加索塔蒂人说的高加索塔蒂语划归为阿赛瑞语的残余部分。自11世纪统治当地的塞尔柱帝国之后为阿德贝格，他们在阿塞拜疆境内建立的王朝为埃尔迪古兹王朝，在技术上他们从属塞尔柱苏丹，但在有时那些阿德贝格是实际上的领导者。在塞尔柱王朝统治下，在今天阿塞拜疆这个地域的尼扎米、卡克尼等诗人的出现使伊朗文学变得兴盛起来。之后短暂存在的札剌亦儿王朝遭到帖木儿的入侵而覆灭。
统治阿塞拜疆当地的希尔凡沙阿政权也成为了帖木儿帝国的附庸国，在帖木儿帝国与金帐汗国统治者脱脱迷失的战争中援助了帖木儿帝国。随着帖木儿的逝世，出现了两个独立的敌对突厥政权：黑羊王朝和白羊王朝。希尔凡沙阿重新得权，成为一个高度自治政权的统治者。在1501年受萨非王朝的征服和迫害下，希尔凡沙阿的最后政权强制将什叶派的人数提高到了曾经逊尼派那样多。
近代
萨非之后统治这个地区的是伊朗的阿夫沙尔王朝和桑德王朝以及短暂统治这个地区的卡扎尔王朝，它所统治的北阿塞拜疆这块土地在19世纪初期战败后割让给了俄罗斯帝国，然而，特别是在桑德王朝崩溃和卡扎尔王朝早期的时候，这块地域出现了许多在实际上是自治的高加索汗国。
公元3世纪，阿塞拜疆处于波斯人的统治之下，公元642年被阿拉伯哈里发国（阿拉伯帝国）征服。公元11至13世纪阿塞拜疆民族形成，9－16世纪遭受突厥人、蒙古人和波斯人的入侵。
18世纪历经彼得大帝和凯瑟琳大帝富国强兵后的俄罗斯帝国迅速强大，于18世纪下半开始威胁波斯北疆。在和波斯帝国进行长达30年的战争后，1828年阿塞拜疆的北部归并于俄罗斯，南部则作为波斯的一个省保留了下来，该年签订的土库曼恰伊条约确立了沙俄与波斯的疆界。从19世纪中叶起，巴库的石油开采很大地抬升了外高加索的经济实力。到1900年，巴库成为世界首屈一指的石油中心，连带使各国的无产阶级汇集此地，形形色色的社会主义和马克斯主义思潮将此地搅扰得动荡不安。
1917年俄国革命之后，11月建立了从外高加索民主联邦共和国独立的阿塞拜疆民主共和国，但此共和国先后被英国人（1918年8-9月）、奥斯曼帝国（9-10月）、英国人（12月）给占领。同时阿塞拜疆还跟亚美尼亚民主共和国争夺纳卡地区的控制权而发生边境战争。
1920年苏俄红军占领阿塞拜疆，4月28日成立阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国，1922年3月12日同格鲁吉亚、亚美尼亚组成外高加索苏维埃社会主义联邦共和国，同年12月30日该联邦共和国加入苏联，1936年12月5日改为直属的苏联加盟共和国之一。
阿塞拜疆的精英在斯大林的大清洗政策时大批死亡，共产党对宗教人士的虐待也是颇为严酷，但在二战时苏联的卫国战争中，阿塞拜疆动员1/5的人口参战：约68万人上前线（其中有10万名妇女），25万人战死，而当时阿塞拜疆的人口则是340万。1969-1982年在经济衰退的背景下，阿塞拜疆共产党第一书记阿利耶夫采取强硬方针宣誓肃贪，但没能阻止官僚主义和腐败的蔓延。1990年1月，受东欧剧变影响，阿塞拜疆人的独立运动已在两年内急速攀升，反亚美尼亚人的种族屠杀运动（巴库为中心）导致苏联红军在当年一月进驻巴库并造成伤亡与破坏，史称“黑色一月”（约147位平民被红军杀死、800人受伤），这次镇压削弱了民族独立运动，直到1991年苏联的八月政变爆发，才给阿塞拜疆完成独立的良机。1991年8月30日宣布独立，成立阿塞拜疆共和国。
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