1959年6月10日，英属的新加坡被英国授予自治地位；1963年7月22日，英属砂拉越被授予自治，同年8月31日，英属北婆罗洲被授予自治，1963年9月16日马来亚、新加坡、北婆罗洲（沙巴）和砂拉越共同参组马来西亚联邦。马来西亚是一个由马来族、华族、印度族及原住民族等多元民族共同建立的国家。在历史上，马来西亚拥有两个重要的庆典，第一个是国家独立日，另一个是马来西亚日。国家独立日（马来语：Hari Merdeka；英语：Independence Day）是纪念马来亚独立（不包括北婆罗洲、砂拉越、新加坡），而马来西亚日（马来语：Hari Malaysia；英语：Malaysia Day）是纪念马来亚与沙巴、砂拉越、新加坡组成一个新的国家。
1965年，马来西亚国会全数通过，将新加坡驱逐出马来西亚，新加坡被迫独立。马来西亚克服了这个危机，也克服了印度尼西亚－马来西亚冲突的危机，但其内部的矛盾导致了执政联盟在1969年大选中受到重挫，随后暴发五一三事件的种族冲突。马来西亚进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，以巫统为首的执政联盟在第二任总理阿卜杜勒·拉扎克领导下，为组织稳定政府，拉拢在大选中新崛起的反对党如民政党、霹雳进步党、泛马回教党等加入联盟，改组成国民阵线（国阵），并在此后的44年内长期执政，使马来西亚几乎达到一党制的地步。
马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、1965年8月9日新加坡脱离大马、1969年的五一三事件及1969年居銮水灾。1969年5月13日，首都吉隆坡发生严重的种族冲突，政府颁布紧急状态。事发后，阿卜杜勒·拉扎克政府开始推行颇受争议的新经济政策，目标是想通过配额制，提高土着的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展，与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的参与。
1981年至2003年马哈蒂尔·穆罕默德担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长。由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济，特别在电脑与消费性电器产品。在这段期间，马来西亚的地理景观也因着多项大型计划而改变,其中包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是全球最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道（全国最长也是全东南亚最长的收费高速公路）、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、砂拉越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城直辖区。1998年，亚洲金融危机使马来西亚的经济和政局严重受挫。马哈蒂尔在痛斥外汇投机客的同时，拒绝副总理安瓦尔以及国际货币基金组织的“药方”，对货币进行管制。经济专家当时认为，外资将因此却步，马来西亚将会步入经济衰退期。然而，马哈蒂尔独树一帜的政策很快就见效，领导马来西亚走出金融危机的阴影，经济复苏步伐是当时受金融危机打击国家中最快的。1999年，经济增长率就接近危机前的水平，经济重新步入了稳步成长的轨道。因为努力推动国家经济发展，马哈蒂尔被尊称为现代化之父（Bapa Pemodenan）。
2004年大选，国阵获得全民支持，历史性地赢得90%国会议席，继续执政。2008年大选，国阵政府面对反对党的强烈抗衡，首次失去1969年以来国会三分之二的多数议席。3大反对党即人民公正党、民主行动党和伊斯兰党结盟，称为人minlian盟。2013年大选，国阵政府失去国会三分之二的多数议席之余，更失去了另外的7个国会议席。州议席方面国阵政府依旧稳如泰山，顺利地赢得了13个州属中的10个，其中一个州属是反对党之前所执政的吉打州。 此外，2015年之前由伊斯兰党、人民公正党和民主行动党所成立的的人minlian盟（minlian），由于伊斯兰刑法争议，成员三党之一的伊斯兰党于2015年6月15日决定与民主行动党断交。6月16日，民主行动党秘书长林冠英宣布minlian不复存在。同年6月17日公正党承认minlian瓦解。
纳吉布任内设立了一个马来西亚发展有限公司（1MDB），其设立目的为建立全球伙伴关系和促进外商直接投资，是国家的战略举措。然而，1MDB却在2015年被爆出负债110亿美元，前总理马哈蒂尔·穆罕默德表示，1MDB借贷太多，而且缺乏透明度。随后，美国《华尔街日报》报导称有7亿美元（折合马币约26亿林吉特）从此公司转入纳吉布·阿卜杜勒·拉扎克的私人户口，引发马来西亚国民哗然。1MDB贪腐案也涉及许多国家。马哈蒂尔和时任副总理穆希丁的阵营公开批评，导致马哈蒂尔失去在国家机关和公司担任的职务，穆希丁也丢失副总理职位。对此，纳吉布与1MDB皆予以否认，纳吉布更声称此事件为“政治迫害”。2016年1月26日，马来西亚总检察长丹斯里阿班迪表示，上述争议款项是沙特阿拉伯王室2013年作为私人捐款送给纳吉布的，而纳吉布亦已将其中6.2亿美元退还王室。他说，纳吉布没有违反任何法律，也不会受到任何制裁，此案到此为止。批评人士指出，一个由纳吉布新任命的总检察长，如今宣告纳吉布没有犯罪，虽然再次使纳吉布政权恢复了“合法性”，但是笼罩在纳吉布政权头顶上的“不信任阴云”丝毫没有消散。2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，纳吉布涉及一马弊案的SRC洗钱案的7项指控全部成立，判处监禁12年和罚款2亿1000万林吉特，若无法缴付罚款则加监5年。
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