1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始进行统一全国的计划。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，1598年，丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。
江户幕府（德川幕府）
1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，于江户设置了江户幕府。政治一安定经济也跟着发展，在德川纲吉时代经济良好，商人与町人盛行元禄文化。江户时代中期，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革暂时恢复了财政，却又再度恶化。
幕府末年被欧美各国逼迫开国，经由马修·培里来航而签下了日美神奈川条约等不平等条约使得锁国政策崩裂。随着开国与尊王攘夷思想强盛，幕府大老遇刺身亡与萨英战争都令幕府的权威一落千丈，最终末代将军德川庆喜先后把政权与领地交还朝廷。
明治时代
明治年间（1868年―1912年）称为明治时代。
经过王政复古大号令及戊辰战争后，拥戴朝廷的诸藩，成立了明治大日本帝国政府。旧藩士在新政下生活困苦，演变成西南战争，后来渐渐恢复秩序。新政府积极引入欧美各种制度及废藩置县等等，这些各项改革被称为明治维新。一方面，新政府确立国家制度，如设立帝国议会及制定大日本帝国宪法；一方面，又以培植产业及加强军力（富国强兵）为国策推进，急速地发展成近代国家。此外，1879年染指清朝朝贡国琉球国，并改设为冲绳县。日本又在1894年甲午战争及1904年日俄战争中取得胜利，通过《马关条约》等不平等条约，割占台湾及其附属岛屿（含钓鱼岛），强占东北南部。1910年吞并朝鲜。
文化上，日本从欧美引入了新的学问，艺术；带有未曾在日本出现过的个人主义小说，文学开始出现，与江户时代以前不同的文化展开了。宗教上，改变了以往神佛合流的现象（神佛分离），出现了打压佛教（废佛毁释）等等的运动。
大正时代
大正年间（1912年―1926年）称为大正时代。
明治天皇于1912年驾崩，皇太子嘉仁继位，改元大正，是为大正时代。大正元年，因为陆军倒阁而引起了第一次护宪运动（即：大正运动，日语：大正デモクラシー），开始出现政党政治。
大正时代前期，发生了第一次世界大战，时为自明治维新以来日本国力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁摄政，1923年发生关东大地震，以及一战后在国际和平会议中节节败退，使日本日渐艰难。
权贵与政党不断抗争，发生了第二次护宪运动，实行了全民普选（1925年）。亦由唯一的元老西园寺公望推荐首相，提倡“宪政之常道”。
昭和时代
1926年12月25日，大正天皇驾崩，皇太子裕仁继位，是为昭和时代。第一次世界大战时期，日本经济发展迅速。国内政局为统制派军人击倒皇道派军人从而掌握军政大权。此后，由于统制派军人由外而内改变国家政体的思想，日本开展了对包括中国在内的东亚各国的大规模侵略。日本成为第二次世界大战远东以太平洋战场上的主要侵略者。1945年8月15日，日本接受《波茨坦公告》无条件向盟军投降。
战后的政党如雨后春笋一样大量成立。联合政府倒台。吉田茂再次重登相位，连续四次组阁，合共第一次组阁为日本史上唯一的。《旧金山和约》签定后，日本恢复了国家主权。
平成时代
昭和天皇于昭和64年（1989年）1月7日驾崩，皇太子明仁继位，驾崩隔日起（1月8日）改元平成，称为平成时代（1989年至今）。民主党代表（党首）鸠山由纪夫（2009年9月）16日在特别国会首相指名选举中当选为日本第93任首相，并于当天完成组阁。新内阁的成立标志着日本政坛正式进入民主党执政时代，日本首次实现战后以来真正意义上的“政权更迭”。
2016年8月，明仁天皇发表视频讲话，表达了由于年龄和身体原因有意提前退位的意向。2017年12月8日，日本内阁通过了关于天皇退位时间的政令。根据这一政令，明仁天皇将于2019年4月30日退位，从而成为日本近200年来首个生前退位的天皇。
令和时代
2019年4月1日，日本官房长官菅义伟宣布，“令和”被选为日本新年号，从2019年5月1日开始启用“令和”为年号。2019年5月1日，德仁天皇在东京的皇居举行即位仪式，成为日本第126代天皇??。
2021年举行夏季奥林匹克运动会。因为向大海排放核污水，日本受到了中国、韩国等周边国家政府和环保团体的强烈指责。
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