鹿儿岛城的硝烟尚未散尽，郑芝龙已踏入了岛津家久曾经的居所。
他并未落座于那张象征藩主权威的榻榻米，而是径直走到悬挂的九州全图前。手指重重按在代表萨摩的疆域上，声音冷硬如铁：
“此地，即我大明踏平九州的基石。传令，整军，固点，备粮。”
鹿儿岛城成为了明军新的中枢。郑芝龙下令，对这座藩主居城进行彻底的军事化改造。
三百名工匠带着俘虏日夜赶工，在鹿儿岛湾沿岸险要处增筑十二座石砌炮台。每座炮台配备三门千斤佛郎机炮，射界覆盖主要航道。
原有的水军船坞被扩建，十艘缴获的萨摩关船被拆解，木料用于加固明军福船的水线护甲。李魁的水师不再仅仅封锁，而是以鹿儿岛港为母港，形成一支拥有二十四艘主力战船福船、苍山船和四十余艘快哨船的常备舰队，巡航范围北抵大隅海峡，南控吐噶喇群岛，彻底断绝九州西南海域的交通。
从鹿儿岛城向北、向东，沿着通往肥后藩熊本、大隅藩的主要道路，郑芝龙命令在五处关键隘口修筑永久性棱堡。每堡驻军五百，配备火枪兵两百，弩手一百，骑兵五十，辅兵一百五十。
棱堡设计呈星形，外墙厚达一丈，外挖深壕，引水灌入。堡内设火药库、粮仓、水井，可独立坚守一月。这些堡垒如同楔入萨摩藩与新征服区之间的铁钉，既是前进基地，也是防御节点，更是控制交通线的锁钥。
鹿儿岛城本身被改造成一座巨大的兵营和军械库。城墙加厚，增设炮位三十处，储备火药十万斤，铅弹无数。城内划分区域：军营区、匠作营区、仓储区、军管衙门区。原岛津家武士的宅邸被征用，改造成军官住所和情报中枢。郑芝龙甚至在城下挖掘了数条通往城外关键据点的地道，以备不测。
“三军未动，粮草先行”的古训，郑芝龙执行得更为彻底。
釜山对马岛巨济岛鹿儿岛的航线被固定下来，成为真正的“生命线”。郑芝龙向昭武帝上奏，获准在巨济岛设立“征倭前敌转运使司”，由心腹干将坐镇，统筹粮秣、军械、人员转运。
巨济岛的中转仓规模扩大三倍，可储粮十五万石，并新建大型船坞，可同时维修十艘四百料粮船。朝鲜方面被严令保障陆路运输安全，光海君迫于压力，增派三千军士沿途护粮。
郑芝龙深知完全依赖后方运输风险巨大。他颁布严厉的《萨摩征粮令：以鹿儿岛军管衙门名义，按田亩征收稻米、豆类、干菜。同时，强行征调大量青壮俘虏和平民，在萨摩藩南部相对平坦肥沃的谷地开辟军屯。由明军老卒带着少量通译监督，发给简陋农具和种子，实行军事化管理。第一批屯田预计次年夏收，虽不足以支撑大军，却能极大缓解后勤压力，并就地补充新鲜蔬菜。
从山东调来的三百工匠及其家眷被妥善安置在鹿儿岛城后山谷的匠作营。营区戒备森严，日夜炉火不熄。他们不仅维修损坏的火铳、铠甲、攻城器械，更利用萨摩本地有限的铁矿、木料资源进行仿制与改良。每日产出：修复火铳八十至一百杆，新制鸟铳二十杆工艺较粗糙，箭矢三千支，长矛枪头五百个，铠甲部件若干。更重要的是，他们开始尝试利用萨摩藩丰富的硫磺资源，改进火药配方，提升威力。
单纯的军事占领代价高昂，郑芝龙深谙分化瓦解之道，将矛头指向了九州其他藩国。
经过严格筛选重点考察是否参与过前期抵抗、有无家眷在明军控制区，八百名较为顺从且体格健壮的萨摩降兵多为原足轻和下级武士被单独编成“萨摩协从营”。
由十名明军百户长直接统率，配发缴获的日式武器和简易号衣区别于明军，主要承担：维持鹿儿岛城及周边占领区治安、押送俘虏前往矿场、协助转运物资等辅助性任务。郑芝龙给与其优于普通俘虏的待遇日供米五合，有微薄军饷，但严令不得配发火器，并实行严格的连坐制。这支“伪军”的出现，极大地减轻了明军一线部队的负担，并给其他萨摩人一个“效忠”的示范。
通译所成为了情报中心。六十名通晓日语包括萨摩方言的明军细作部分由通译所培养，部分从军中选拔机灵者被源源不断派出。他们的目标不仅是邻近的肥后藩熊本，更远及丰后大分、日向宫崎。手段多样：伪装行商、僧侣、浪人，混入城下町收集驻军、粮储、领主动向信息。
重金收买失意藩士、豪商、甚至破落公卿，获取高层决策情报。
利用投降者返回故乡探亲的机会，散布明军强大不可战胜、抵抗必遭屠戮、早降可得厚待等言论。
最关键的一步：郑芝龙授意，通过隐秘渠道，向一些实力较弱、与岛津家或幕府关系不睦的九州小藩如人吉藩的相良家、佐伯藩的毛利家传递“善意”——只要名义上臣服大明，断绝与德川联系，停止抵抗，其领地、家名可保，这是赤裸裸的分化诱降。
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