璀璨的光芒照亮了整个宇宙，暗渊污染在光芒中迅速消散，黑袍指挥官的身体也在光芒中崩解。但在最后时刻，他的残魂发出阴森的笑声：“你们以为这就结束了？深渊之主的真正本体，即将苏醒……” 随着笑声，宇宙深处传来一阵强烈的震动，一个比以往更加恐怖的存在，正在黑暗中缓缓睁开眼睛。
赵阳等人虽然取得了阶段性的胜利，但他们知道，更大的危机还在后面。他们带着创世火种返回斗气大陆，开始研究如何利用火种的力量彻底消灭暗渊威胁。与此同时，创世联盟在各个平行宇宙加强防御，训练新的战士，准备迎接即将到来的终极之战。而在宇宙的阴影中，深渊之主的本体正在积蓄力量，一场决定宇宙命运的最终决战，正在悄然逼近……
斗气大陆的创世广场上，创世火种悬浮在特制的祭坛中央，银金色的火焰缓缓摇曳，每一次跳动都在驱散空气中残留的暗渊气息。赵阳等人归来后的第七日，整个大陆举行了盛大的“火种祭典”，来自不同平行宇宙的代表齐聚一堂，共同见证这来之不易的希望之光。然而，在热闹的表象下，苏璃的时空棱镜持续发出微弱的警报，她望着棱镜中那些如同蛛网状蔓延的暗紫色纹路，眉头紧锁——深渊之主的本体苏醒，正在引发宇宙维度的共振。
虚空子将丹塔改造为“火种研究院”，巨大的炼丹炉被重新设计成能量转化装置，试图解析创世火种中蕴含的净化之力。“根据初步研究，”他推了推鼻梁上的特制护目镜，炉内跳动的火种投影在他脸上明灭不定，“火种不仅能净化暗渊，还能重塑法则，但我们需要找到与它共鸣的‘创世密钥’。”话音未落，地面突然剧烈震动，一道暗紫色的裂缝从祭坛下方撕开，从中伸出布满尖刺的暗渊触手。
“是深渊之主的预攻！”赵阳挥动混沌·创世圣斧，斧刃上的创世星轨与火种共鸣，斩出的“混沌·圣炎破”瞬间将触手燃成灰烬。但裂缝中传来的咆哮声震得众人耳膜生疼，一只覆盖着鳞片的巨爪破土而出，爪尖滴落的紫色液体腐蚀着大地，所过之处植物迅速枯萎，岩石化为齑粉。苏璃立即发动“时空·裂隙封镇”，十二道银色光链缠绕住巨爪，却在接触暗渊能量的瞬间开始崩解。
战斗正酣时，星河守望者残留的意识突然在火种光芒中显现：“创世密钥藏在‘诸界回廊’，那里是连接所有平行宇宙的枢纽，但已被暗渊侵蚀成‘熵蚀迷宫’。”他的身影变得愈发透明，“唯有集齐七个平行宇宙的‘法则之心’，才能打开回廊入口。”赵阳当机立断，将联盟成员分成七支小队，分别前往科技宇宙、魔法宇宙、蒸汽朋克宇宙等不同世界。
赵阳带领的小队踏入科技宇宙时，发现这里的天空被巨大的“熵化卫星环”笼罩，城市沦为废墟，机械生命体全部变异成暗紫色的杀戮机器。他们在一座废弃的科研基地中，找到了同样在抵抗熵变的“归零者”组织。组织首领是个半机械少女，她的义眼闪烁着警惕的红光：“法则之心在中央智脑核心，但智脑已被暗渊意识同化，成为‘熵网中枢’。”
潜入中枢的过程危机四伏，走廊里游荡着能分解物质的“熵雾守卫”，墙壁上的显示屏不断播放着宇宙毁灭的幻象。赵阳的混沌熵衡领域勉强抵御着意识侵蚀，而半机械少女利用自身的黑客能力，破解了部分防御系统。当他们接近核心时，巨大的智脑突然启动自毁程序，无数装载着暗渊孢子的导弹从发射井升起。
“苏璃，启动跨宇宙定位！”赵阳紧急联系留守的时空专家。苏璃在斗气大陆的时空塔中全力运转，将时空坐标精准定位到导弹发射井。赵阳抓住时机，施展出“混沌·空间置换”，将所有导弹瞬间传送到荒芜的小行星带。但智脑核心的法则之心被暗渊能量包裹，形成坚不可摧的护盾。关键时刻，半机械少女牺牲自己，将全部能量注入赵阳的圣斧，助他斩出“混沌·圣炎熔毁”，终于取出法则之心。
与此同时，在魔法宇宙，莉娅带领的小队遭遇了被腐化的“元素议会”。曾经守护宇宙的元素领主们，如今沦为暗渊的爪牙。土元素领主的身体化作流动的紫色泥浆，所到之处山脉崩解；水元素领主操控着腐蚀一切的毒潮，城市在毒雾中化为虚无。莉娅的咒音战歌在元素之力的冲击下节节败退，直到她在废墟中找到古代先知留下的“元素共鸣琴”。
当莉娅奏响失传已久的“万象调和曲”，地水火风四大元素开始产生共鸣。她趁机发动“元素净化共鸣”，四种纯净的元素之力融合成金色洪流，冲散了元素领主体内的暗渊污染。恢复清醒的元素领主们将自身核心——蕴含法则之力的“元素晶核”献出，合成了魔法宇宙的法则之心。
在蒸汽朋克宇宙，阿雷的小队面临着更大的挑战。这里的天空漂浮着巨大的“熵变飞艇要塞群”，每艘飞艇都装备着能扭曲时空的“暗渊射线炮”。阿雷利用自己的机械知识，改装了一艘小型蒸汽飞船，装上从丹塔带来的“反熵引擎”。他们在飞艇群的缝隙中穿梭，偷袭飞艇的能源核心。
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