月光把他们的影子拉得长长的，溪水在身边唱着歌，芦苇丛里的萤火虫飞出来带路，像撒了一路的星星。慢慢的爪子磨破了，咔咔就背着他走一段；咔咔的钳子被石头夹疼了，慢慢就用壳帮他挡住荆棘。他们路过一片被冲毁的蘑菇屋，咔咔捡起一块带着蘑菇印的石头：“这可以做新的石书，叫‘重建家园记’。”他们看到一只被困在树枝上的小青蛙，就用芦苇秆搭成小桥救他下来，小青蛙则送给他们一片能驱蚊的艾草。
走到下游的柳树下时，月光正好照在树根处——一只大乌龟正焦急地望着溪水，脖子伸得长长的。“妈妈！”慢慢大喊着扑过去，大乌龟惊讶地转过头，立刻张开怀抱抱住他：“我的好孩子，妈妈终于找到你了！”
原来乌龟妈妈被冲到下游后，被善良的老柳树收留了，她每天都在溪边等消息，刚才看到芦苇信就知道慢慢一定在找她。“多亏了溪水和石书图书馆，”妈妈抚摸着慢慢的背，“我说过吧，有故事的地方就有希望。”
他们一起回到图书馆时，天已经快亮了。乌龟妈妈看到满架的鹅卵石，惊讶得合不拢嘴：“这些石头真漂亮，每一块都像装着阳光的小房子。”咔咔骄傲地介绍他的收藏，乌龟妈妈则说她知道哪里有带着彩虹纹路的石头，那是山洪过后从山顶冲下来的，能讲彩虹的故事。
“我们可以一起扩建图书馆！”咔咔高兴地说，“慢慢妈妈可以当‘石书管理员’，负责给新石头写故事；慢慢可以当‘溪水信使’，负责收发芦苇信；我就继续收集石头，我们的图书馆会变得越来越大！”
慢慢和妈妈都用力点头。天亮的时候，他们在图书馆旁边搭建了一个新的石架，用来摆放新收集的石头。乌龟妈妈果然找到了彩虹石，阳光一照，石头上就会映出小小的彩虹；慢慢在溪水里捡到一块心形石头，上面的纹路像两只手牵在一起；咔咔则在老橡树下发现了一块带着年轮的石头，据说能讲一百年前的森林故事。
白天，他们一起修复被山洪毁坏的地方：帮小松鼠加固树洞，给小兔子修补胡萝卜田，用石头和树枝为小鸟搭建临时鸟巢。晚上，图书馆就热闹起来了，小动物们带着自己的故事来交换石书——小松鼠带来了“松果成长记”，上面有松果从开花到结果的纹路；小兔子带来了“胡萝卜月亮”，一块橘黄色的石头，月圆时会发出淡淡的光；就连之前救过的小青蛙，也带来了“池塘音乐会”石书，上面的纹路像跳动的音符。
乌龟妈妈用她知道的古老故事，给空白的石头写下新内容。她教咔咔和慢慢怎么辨认石头的年龄，怎么保护石书不被雨水损坏，怎么用不同的光线读出石头里的秘密。“石头是最诚实的朋友，”她总是说，“你对它用心，它就会把最珍贵的故事讲给你听。”
慢慢成了最棒的溪水信使，他的芦苇信总能准确地送到目的地。有一次，他帮迷路的萤火虫找到了家人；还有一次，他把森林干旱的消息告诉上游的云朵，让云朵送来及时雨。小动物们都说，慢慢的芦苇信里不仅有文字，还有暖暖的心意，所以溪水才愿意帮忙。
咔咔的图书馆越来越有名，甚至连森林外的朋友都听说了。一只背着行囊的小刺猬来这里寻找“勇气石书”，他要独自穿越沙漠去看大海；一只翅膀受伤的小鸟来这里借“飞翔故事集”，希望从故事里找到重新起飞的力量；就连平时严肃的猫头鹰博士，也会来这里查阅“星星年鉴”，研究星座的变化。
一个深秋的傍晚，图书馆里来了一位特别的客人——一位白发苍苍的老奶奶，她拄着拐杖，手里捧着一块磨得光滑的石头。“我小时候来过这里，”老奶奶的声音温柔又遥远，“那时候这里有位螃蟹爷爷，他送给我一块‘童年石书’，说等我老了就回来看看。”她举起手中的石头，上面的纹路像一个小女孩和一只小螃蟹在溪边玩耍。
咔咔惊讶地张大嘴巴：“那是我的爷爷！他说过要等一位带着童年石书的朋友回来，还留下了一封给你的信呢！”他从图书馆最深处的石盒里，取出一封用树叶包裹的信，信是用爷爷的大钳子写的，字迹虽然模糊，但充满了温暖。
老奶奶读着信，眼泪慢慢流了下来：“原来他一直记得我。我小时候迷路到这里，是他的石书陪我度过了害怕的夜晚，他说故事能让人的心永远年轻。”她把自己的石书放在图书馆最显眼的位置，“这是‘时光的约定’，现在它属于这里了，让它继续陪伴需要故事的朋友吧。”
那天晚上，图书馆举行了一场盛大的“石书之夜”。所有的萤火虫都来帮忙照明，溪水唱着古老的歌谣，小动物们围坐在一起，听乌龟妈妈讲古老的传说，听老奶奶讲人类世界的故事，听咔咔和慢慢讲他们的相遇和成长。月光透过芦苇丛，在石书上投下斑驳的光影，每一块石头都好像在轻轻摇晃，分享着它们听到的故事。
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