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烟加特被擒，妖械全数倒戈，根之教派高层几乎全部死亡。蒙拓城内幸存的部分人员也在妖械军团的冲击下很快选择头像，被水螅虫一一斩杀，并救出了手臂被摘除的游鱼。
几乎不费吹灰之力，世界树就完成了对蒙拓城的占领，随后赶到的图灵在蒙拓城中心种下了世界树，以极快的速度在一天之内完成对整个城市的彻底改造，将其化作一片世界树根须构筑的钢铁丛林，并迅速完成新基地的构筑以及各类设施的建造。哈迈德和奥莉希亚第一时间入驻其中开始安排科研布置。
而因为根之教派的败亡而陷入混乱的蒙拓，也因为世界树的入驻逐渐恢复稳定。对这些邦加人来说，世界树等同于根之教派。而图灵不喜这类宗教洗脑式的统治，但眼下立刻将根之教派的影响强制废除必定会再度引发混乱，从而不得不演变为对当地人的独裁统治。
于是图灵先依靠着高速延伸的世界树，将整个蒙拓范围内的根之教派残党全数歼灭。并第一时间蔓延到了加勒斯城，以根须通道建立联系和独立交通的同时，把自我洗脑严重的小黑辛迪加接了过来，让其在蒙拓建立正式的世界树教堂，给了他“神父”的地位，再恢复邦加本地政府的职权，让小黑和两名妖神晋升者成为高层督查。
毕竟根之教派是烟加特在虫巢的教唆下搞出来的产物，歼灭根之教派是必然，但图灵不会把气撒到这些被洗脑的邦加平民身上，将计就计而利用之才是正确的做法。
而值得一提的是，目前在蒙拓城内的邦加政府，也是世界树的忠实信徒，那么一切处理起来就简单多了。
很快，在一周的时间内，蒙拓和加勒斯两个地方的情况趋于稳定，图灵便着手开始为组织成员执行改造升级，以及兵种整合与人员调整。
首先是人员调整，世界树成员实在过少，图灵便先从加勒斯城中吸纳了不少人员进入世界树，其他的人事问题再长远运营，目前急需用人。这些人员中主要由世界树信徒和外来雇佣兵组成，但这些人无一例外都是当时干掉腥蝎时被图灵救下的人。经过小黑在加勒斯城的观察，挑选出来的一众人选。
除此之外，卡恩还从带出来的威尔逊公司成员中挑选了几名碳变者记入世界树的名下，不过这帮人现在还在伊万诺维奇那边。
等到人员吸收完毕后，图灵便将正式的职位划分下发到所有世界树成员中，提拔部分元老，也就是水螅虫的那支作战小队成员向上晋升，培育了部分图灵所使用的妖神器官进行装载升级，更新换代。例如【动能吸收腺体】这一强大的武装。
不过具体的效能根据使用者的大脑运算能力以及身体对妖神因子的兼容性，还有妖神因子浓度成正比，同图灵本身以及当初的合成兽身躯“布雷泽”完全不具备可比性。
此外，“妖神支配者”这一实验性兵种走下历史舞台，而是与妖神晋升者的改造路线相融合，成为干部级成员的专属。
一支晋升者小队由“执行队长”带领，执行队长拥有管理下面六名晋升者的职权，同时还拥有控制一支妖械部队的权限。
目前也成为了晋升者的游鱼则进入行政侧，负责管理世界树运转的大小事务。小透明庞豹在根之教派事件中也算是打生打死，被图灵安排做了他的老行当——
动物管理员。
或者说，妖械军团的管理者。拉了几个老人，几个新人，组建团队针对妖械喂食、转化流程的监管、新生妖械的抓捕以及后续可能出现的妖械受孕以及生产做全方位的管理和护理。
同时还要管理一处蒙拓城地下空间，在其中构建一个蓄养动物的生态环境，作为妖械在生殖受孕方面得到重大突破前的原生动物供应链。
不过庞豹并不具备支配者的权限。
军备后勤则交给了水螅虫的副手。而哈迈德和奥莉希亚组成了组织的整个研究部门。
【世界树】不需要太多的人手，因为图灵不需要杂兵，妖械比杂兵更为信任好用，整个体系是围绕精英单位来运转的。其中科研部门更是核心中的核心。
除此之外，图灵还在卡恩的建议下设立了一套人员晋升体系，类似于公司中的业绩，军队中的功勋一类的体系。一套由卡恩编写的评估体系被植入了世界树之中，并根据事务处理、武装行动等多种职能和情况进行贡献评估。而这些具象化的贡献数值则可在哈迈德处购买各种升级，或是在游鱼处换取控制妖械的下级权限。
目前的妖械数量早已破千，加上图灵接管的那些劣质妖械，足足有近三千的妖械大军。这个数字随着庞豹的管理团队捕获更多动物进行妖械转化还会不断增加，如此庞大的数量，图灵必然要进行权利下放。
做完这些之后，内部的管理事务才算暂时告一段落。等到威尔逊公司的碳变者入驻，管理问题几乎就不需要图灵来操心了。
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