几百年过去了，艾利克斯早已不在人世，但他的组织依然存在并且蓬勃发展。一天，一颗偏远星球上报来奇怪现象，疑似黑暗力量又有复苏迹象。新一代的守护者们紧张起来，他们依据当年艾利克斯留下的资料展开调查。
到达那颗星球后，他们发现一股神秘力量在影响着当地生物的心智，使它们变得暴躁和具有攻击性。这股力量不同于以往的黑暗力量，更加隐蔽。
正当他们愁眉不展时，一位年轻的研究员发现这股力量竟源于当初制定的限制生命起源晶体深层次力量的规则。因为时间久远，规则中的部分禁制产生了漏洞，导致晶体力量泄漏变异。
于是，他们赶忙修复规则漏洞，那股怪异力量随之消失。此事过后，他们更加深刻地认识到艾利克斯的先见之明，同时也明白了即便处于长久的和平中也要时刻保持警惕，不然隐患随时可能爆发，威胁宇宙的和平。
守护者们返回总部后，将此次事件整理成报告，存放在资料库最显眼的位置，以警示后人。然而，就在不久之后，警报声再次响起。原来，之前被那股奇异力量影响的生物中有一部分发生了基因层面的突变，这种突变使得它们具备了跨越星际旅行的能力。而且，它们心中充满了复仇的怒火，认为是守护者们破坏了它们获得强大力量的机会。
新一代的守护者们迅速集结，可面对这种前所未有的敌人，常规的战斗方式并不奏效。这时，艾利克斯曾经创造但未曾使用过的一种能量护盾技术引起了他们的注意。经过紧急研究和改良，他们成功启动了这个护盾，暂时抵御住了来袭的生物。但这只是权宜之计，他们必须找到彻底解决的办法。其中一名擅长心灵沟通的守护者冒险尝试与这些生物对话，向它们解释事情的真相以及失控力量的危害。经过艰难的交流，这些生物最终平静下来，危机再次解除，而守护者们也深知守护之路任重道远。
经历这场危机后，守护者们决定重新审视整个宇宙的安全防护体系。他们分组前往各个星系，检查是否还存在类似的潜在危险。一组守护者来到了一个古老文明的遗址，在这里发现了一些奇怪的符文。经过解读，他们意识到这是一种可以强化生命起源晶体力量并且稳定其规则的方法。
与此同时，另一组守护者在一个即将毁灭的星球上，发现了一种特殊的生物，这种生物能够释放出一种和谐的波动，可以平复任何愤怒和仇恨的情绪。守护者们想到，如果将这种生物带到总部培养，以后再遇到类似被激怒的敌人就可以轻松化解矛盾。
当各小组带着成果返回总部时，大家兴奋不已。他们立刻着手研究并整合这些新发现。经过一段时间的努力，他们不仅完善了生命起源晶体的管理系统，还拥有了应对愤怒敌人的平和手段。此后，守护者们更加积极地探索宇宙各处，不断提升自身实力和知识储备，坚定地在守护宇宙和平的道路上前行。
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