是年6月，陈奇瑜代表明朝廷与义军达成招安协议：按起义军士兵数目，每一百人派一名安抚官监视，负责遣返原籍安置；所过府县由当地政府供应粮草；同时传令各路围剿官军停止进兵，避免与起义军发生冲突。义军上报给陈奇瑜的受抚人数达四万多名，其中高迎祥部一万三千余人，蝎子块部一万五百余人，张妙手部九千一百余人，八大王部八千三百余人。
然而，各部义军并非真心投降。他们整队出栈道，与陈奇瑜部官兵表面上揖让酣饮，甚至易马而乘，抵足而眠。暗中却抓紧时间花钱贿赂官兵，从官兵手中高价购买军备，于是无衣甲者皆得整备，无弓矢者皆磨砺兵器，几日未进食者也都填饱了肚子。
一日夜间，义军突然发难，尽数绑缚诸安抚官。有的被残忍杀害，有的被割去耳朵，有的遭杖责，还有的被绑缚后扔在路旁。只见义军将士动作干脆利落，转眼间，便有五十余名安抚官死于非命。
起义军随即攻掠宝鸡、麟游等地，一时间纵横无阻。陈奇瑜此时如梦初醒，脸色惨白如纸，心中懊悔不已，深知自己闯下弥天大祸。为求自保，他眼珠一转，便想把罪名推到别人身上。
起义军反叛后，先至凤翔，试图哄骗驻军打开城门。守城士兵识破其计，假意说用绳索拉他们上去，结果先上去的三十六人皆被杀，其余义军见状一哄而散。攻打宝鸡时，又被知县李嘉彦挫败。陈奇瑜便趁机弹劾李嘉彦及凤翔乡官孙鹏等杀降激变，破坏招安大局，还污蔑抚按官对招安怀有二心。
崇祯帝不明真相，又因招抚是自己批准，自尊心作怪，见奏疏后怒不可遏，也不调查清楚便下旨严厉斥责抚按官，下令逮捕李嘉彦、孙鹏及士绅、百姓五十多人。
崇祯七年8月，陕西诸官李玄、李遇知、马鸣世上奏崇祯帝弹劾陈奇瑜，疏中痛斥：“（陈奇瑜）招抚之误，贻害封疆，戮陷生民。”8月，陈奇瑜兵至凤县时，北至庆阳，西至巩昌，西北至邠州、永寿，西南至盩厔、郿县，遍地皆是起义军，人数殆二十余万。陈奇瑜见招抚局面彻底崩坏，又上疏弹劾陕西巡抚练国事阻挠逗留，违抗命令致使招抚失败。这练国事也是倒霉，开始因围剿流寇不力被崇祯捉拿下狱，后花钱疏通朝中关系，又被放了出来，回家修养身体。这陈奇瑜当上五省总督后，崇祯才又让他重新起复为陕西巡抚，不料没多久又遭到陈奇瑜甩锅弹劾。兵部尚书张凤翼因与陈奇瑜是姻亲，也上奏将罪责推给练国事。崇祯帝震怒，下令逮捕练国事。
这是陈奇瑜的第一个补救措施，先将责任推给练国事，妄图减轻崇祯帝对自己的责备。随后，他又命令河南、湖广、四川、山西四省官军入陕合剿。起义军为避围剿，分兵为三路：一路往庆阳，一路往郧阳，一路往河南。这便是他的第二个补救措施：分兵御堵。然而，此时官军兵力已然不支。
9月，起义军攻陷灵台、崇信、白水、泾州、扶风等地，招抚局面全面崩溃。11月6日，陈奇瑜再次请求朝廷传令陕西、郧阳、湖广、河南、山西的五位巡抚各自把守要害地带，声称有失守者就治罪，试图以此为自己分担过失。
28日，尽管8月时张凤翼帮忙将责任推给练国事，但仍未能掩盖陈奇瑜的过失。崇祯帝下诏将陈奇瑜解职，等候调查。12月5日，户科给事中顾国宝弹劾张凤翼、陈奇瑜贻误封疆大事；李玄等人继续弹劾陈奇瑜；陕西巡按御史傅永淳也弹劾陈奇瑜解陇州之围时虚报斩敌人数，身为五省总督却纵寇、玩寇、溺职、欺君。崇祯帝下令锦衣卫将陈奇瑜逮捕审讯。
当时朝廷上下议论纷纷，皆言陈奇瑜误国，当逮问斩首。而温体仁一力护持，仅判了遣戍。崇祯八年（1635年）4月，陈奇瑜与李嘉彦、孙鹏皆遭革除，三人一同被流戍。
李明在崇祯七年八月份，通过胡翠莲寄来的汇报中得知陈奇瑜纵虎归山的骚操作后，对这个腐败透顶的明朝算是彻底失去了信心。带兵多年的他知道，其实陈奇瑜的纵虎归山之举其实也是无奈，手下诸将一个比一个怕死，收了起义军的贿赂后都想着放他们一马自己好在起义军后面继续捡便宜。而陈奇瑜除了自己收受起义军贿赂，起了放他们一马的念头外，或许更多的是认清了形势，被部下裹挟着自己骗自己而已。当这些高级文官指挥不动手下将领后，或许也就成了最完美的背锅侠吧。
崇祯八年五月，李明得知陈奇瑜果然被崇祯捉拿下狱，流放戍边后，想起当年与这个意气风发的巡抚敞开心扉交谈的场景，感慨万千。于是找到了钱守庸，帮忙活动朝中关系，不久陈奇瑜得以释放回乡。回乡后，得知是李明和钱守庸在背后出的力，自然是感激万分。因为老家山西保德州连年干旱，闹流寇，自己在任上那是与流寇有血海深仇，自然是不敢多待。于是他变卖了家中三千顷的良田，带上妻子和五个小妾、四个子女、五十几个仆役家丁，拉着十六车财物风尘仆仆，出山海关，一路来到了宁远投奔钱守庸。李明听说后那是大喜过望，这陈奇瑜不了解情况，以为宁远城钱守庸官最大，就投奔于他，其实这和直接投奔李明也没啥两样…
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