1912的1月19日，教育部开张刚刚一个月，就发布了《普通教育暂行办法》。
《普通教育暂行办法》共14条，主要内容有：
各级各类学堂均改称为学校，监督、堂长一律改称校长；
小学一律于每年3月14日开学，中学、师范则根据地方财力自行决定开学时间；
初等小学可以男女同校；小学读经科一律废止；小学应注重手工科；中学为普通教育，文、实不必分科；
废止旧时奖励出身，各级学校毕业者，称某级学校毕业生。
同时，学校所采用的各种教科书须合乎共和宗旨，由各出版单位自行修改，学校教员对于教科书的内容也可根据这一宗旨随时删改。这个教育法令，在新旧社会交替之际，对于安定人心、稳定局势、建立新的教育秩序，起了非同一般的作用。
这些规定，震撼了年深日久的封建教育秩序，为全社会送来一股民主共和的清新之风。
1月30日，教育部下达了在全国推行社会教育的通令。所谓社会教育就是我们今天所说的成人教育。蔡元培此举无疑是是想改变中国文盲众多的状况，力求普及教育，使人人都能识字，受到教育。他知道这不是一日之功，需要一段时间的不懈努力。在通令中要求“各地广为宣讲，次第实行”。
教育部下属只三个部门，其中便有社会教育司，与普通和专业教育司鼎足而立，足见蔡元培对社会教育的重视。
很多有识之士都指出过，推广社会教育，实乃国情所急需，虽然难以立见成效，但毕竟开辟出一条教育新路。事实上，这也是高瞻远瞩之举。
新中国建国之初，所开展的“扫盲”运动，应该是比较好的贯彻了蔡先生社会教育的主张的，当然，这为后话。
1912年2月间蔡元培发表了着名的教育论文《对于新教育之意见》，比较系统地提出了五育并举的思想。
一、军国民教育
（一）从国外环境看来，中国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”
（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。
二、实利主义教育
实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家 富强才能够在世界竞争中生存下来。
三、公民道德教育
他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。他主张广泛吸收国外文化，同时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其‘我’而同化于外人”。
四、世界观的教育
世界观教育是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。
五、美育教育
美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。
《对于教育方针之意见》一文，是他这个时期在教育方面的主张的一篇代表作。
在这篇文章中，他提出的五育并举的思想方针，否定了前清教育宗旨中忠君、尊孔两条。“忠君与共和政体不合，尊孔与信教自由相违”，主张用民主共和的世界观教育和美感教育来代替，这就破除了两千年来中国传统的封建教育两条不可动摇的信条，体现了辛亥革命的伟大成果和民主精神，具有革命性的意义。
军国民主义和实利主义要求注意军事和实业。
蔡元培说:“夫军国民教育者，与社会主义侯驰，在他国已有道消之兆。然在我国则强邻交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。且军人革命以后，难保无军人执政之一时期，非行举国皆兵之制，将使军人社会，永为全国中特别之阶级，而无以平均其势力。则如所谓军国民教育者，诚今日所不能不采者也。……
“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者至多，而国甚贫。实利主义之教育，固亦当务之急也。”
这是清末富国强兵思想的继承和发展。
在公民道德一条，他要求以法国革命所崇尚的自由、平等、博爱作为道德的要旨。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孙中山宣布辞去临时大总统。随后的2月15日，南京的民国参议院如约推举袁世凯为临时大总统。
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