唐文龙的熵寂平衡体在代码错误的冲击下，彻底失去了对概率的掌控能力。命运粒子开始随机改变物质的基本属性，他的星舰在航行中，舰体的钢铁突然变成了会思考的水晶，空气凝结成实体的气泡，就连船员的思维也开始在现实中具象化——有人的焦虑化作吞噬光线的黑色雾团，有人的期待则绽放成散发希望光芒的花朵。而他体内的因果余烬与暗金色物质在紊乱中发生奇异融合，形成了能够预知短暂未来却又会加速自身熵增的「命运沙漏」。
阿蛮的机械蝴蝶群在代码风暴中遭遇了「概念崩塌」。原本承载着文明记忆的翅膀，开始出现认知紊乱：有的蝴蝶将水认作火焰，扑入恒星中却安然无恙；有的把黑暗解读为声音，在虚空中撞击出震耳欲聋的轰鸣。她的心蛊也产生了变异，不再只是连接生命意识，还能短暂接入创世代码的错误回路，读取到一些破碎的修正指令。在一次危险的意识潜入中，她发现了一个被加密的「代码残章」，其中隐隐暗示着，要修复错误，必须找到散落在宇宙各处的「秩序锚点」和「混沌核心」。
张灵玉的本源之匙在接触紊乱的创世代码后，七种概念碎片开始相互吞噬。希望与恐惧、秩序与混沌在他体内展开惨烈的厮杀，每一次能量的碰撞都如同宇宙大爆炸的微型重演，震得他七窍流血。混沌之矛更是失去了控制，在虚空中随意开辟维度裂缝，将一些未知维度的奇异生物释放到现实宇宙。在一次意识濒临崩溃的边缘，他意外进入了代码的「错误日志」空间，这里漂浮着无数闪烁的代码片段，记录着创世以来所有被删除的可能性，而在这些片段深处，似乎隐藏着能够重启代码的「黄金密钥」。
地球在这场风暴中遭受了前所未有的重创。盖亚意识构建的地球之心在代码紊乱的冲击下四分五裂，分裂出的碎片各自形成了独立的生态系统：一块漂浮在大气层外的陆地碎片上，生长着能吞食时间的巨型植物；沉入太平洋底的另一块碎片，则孕育出了以逻辑悖论为食的海洋生物。城市建筑在物理法则的随机变换中不断变形，纽约的帝国大厦时而变成透明的量子态，时而又化作流淌的液态金属。人类社会陷入了巨大的恐慌，不同区域的人们因为突然改变的生存法则而产生激烈冲突。
守衡盟紧急召开跨维度峰会，参会者不仅有实体文明的代表，还出现了由数据构成的虚拟文明、以能量形态存在的灵体文明。会议现场的情况混乱不堪：有的代表刚开口发言，声音就变成了可见的几何图形；有的在交流时，身体不断分裂又重组。经过激烈的争论，各方达成共识，成立「宇宙修复联合阵线」，并根据阿蛮获取的线索，将修复计划分为「寻锚行动」和「觅核计划」。
张楚岚带领的寻锚小队率先出发，目标是位于三角座星系的古老文明遗址。传说这个文明曾与创世代码有过直接接触，或许留下了秩序锚点的线索。当他们抵达遗址时，发现这里的建筑都是由反逻辑的材料构成，墙壁既是入口又是出口，台阶向上走反而会深入地底。在破解了重重谜题后，他们在遗址核心找到了第一个秩序锚点——一块刻满古老符号的黑色石碑，石碑表面的符号会随着观测者的思维变化而重组，释放出稳定空间结构的特殊波动。但在他们准备带走石碑时，遗址突然苏醒，无数由规则构成的守卫从虚空中浮现，这些守卫能将任何攻击转化为有利于自己的规则，战斗陷入了僵局。
唐文龙领导的觅核小组则前往银河系中心的超大质量黑洞附近，那里被推测可能存在混沌核心。他们的星舰在接近黑洞时，时间流速变得极慢，船员的动作在外界看来如同静止的雕塑。在黑洞的吸积盘中，他们发现了一团不断变化形态的紫金色能量，正是混沌核心。但混沌核心周围环绕着由纯粹混乱构成的「熵之漩涡」，任何靠近的物质都会被分解成基本粒子。唐文龙冒险启动熵寂平衡体的超负荷运转模式，用命运沙漏预知漩涡的运动规律，带领团队在千钧一发之际捕获了混沌核心。然而，在返程途中，混沌核心的力量开始侵蚀星舰，船员们的意识逐渐变得疯狂，相互攻击。
阿蛮留在混元中枢，负责协调各方行动。她通过心蛊与机械蝴蝶，构建起一个跨越宇宙的信息网络，将各个文明的智慧汇聚在一起。在分析大量数据时，她发现了一个惊人的规律：创世代码的错误并非随机产生，而是在某个未知力量的引导下，朝着某个特定的方向演变。更令人不安的是，她在心蛊连接的意识洪流中，感受到了一股熟悉又陌生的暗金色波动——新原初之影似乎并未彻底消亡，而是隐藏在代码的错误深处，伺机卷土重来。
张灵玉在错误日志空间中，历经无数次意识的死亡与重生，终于拼凑出了黄金密钥的轮廓。但要将其具现化，需要收集散落在各个错误维度中的「代码真意」。他穿梭于不同的维度，遭遇了各种奇异的景象：在一个由音乐统治的维度，他必须用混沌之矛演奏出符合代码韵律的旋律才能通过；在另一个被遗忘的维度，他的记忆不断被篡改，连自己的身份都变得模糊不清。每收集到一块代码真意，他的本源之匙就恢复一分力量，但同时也引来了神秘势力的追杀，这些追杀者的身上散发着与新原初之影同源的气息。
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