“那么，你为什么要杀害自己的母亲，旗本麻理子女士？”‘毛利小五郎’的声音带着痛惜，“因为她知道是你杀了财城勇夫！麻理子女士非常了解你，她可能看到了你拿走披肩，或者从你的异常表现中猜到了真相！她约你去下层储藏室，是想劝你自首，或者想保护你。但你，旗本一郎，已经被罪恶感和保护家族名誉的扭曲执念吞噬了！你害怕母亲告发你，更无法承受母亲失望痛苦的眼神！于是，你在储藏室，用随手捡起的缆绳……残忍地勒死了生你养你、最疼爱你的母亲！”
“不——！！！！”旗本一郎发出野兽般的哀嚎，精神彻底崩溃，“妈妈……妈妈她……她说要去报警……她说我毁了旗本家……我不能……我不能让她去……”他瘫倒在地，泣不成声，承认了所有罪行。对家族“名誉”病态的维护，对母亲可能“背叛”的恐惧，最终将这个阴郁的青年推向了弑亲的深渊。
柯南在讲台后，看着痛哭的一郎，心中并无破案的喜悦，只有沉重。平次也默默收起了记录线索的本子。二十年前的悲剧种下的恶因，终于在二十年后，以更残酷的方式结出了恶果。
交响乐号在警方的护航下抵达港口。旗本一郎被押走，等待他的是法律的审判。旗本豪藏老船长在得知女儿死于外孙之手后，瞬间苍老了几十岁，眼神彻底失去了光彩。龟田、鲸井、蟹江等人望着大海，沉默不语，二十年前的噩梦以另一种方式延续，无人是赢家。海老名稔医生扶了扶眼镜，望着远方，轻声说：“父亲，迟来的真相，终究是真相。”
毛利小五郎醒来后，发现自己又“破获”了大案，在众人（尤其是小兰崇拜的目光）中得意非凡，完全不知道自己又当了回工具人。平次和柯南相视苦笑，这次合作虽然成功，但心情却格外沉重。
“喂，工藤，”平次看着被押下船的一郎背影，“你说，有些东西，是不是埋得越深，爆发起来就越可怕？”
“啊，”柯南推了推眼镜，镜片反射着港口冰冷的光，“真相或许残酷，但掩盖和扭曲它带来的代价，往往更加无法承受。”
海浪拍打着船舷，仿佛在为这场跨越二十年的悲剧，奏响最后的、哀伤的休止符。而在这起事件中，工藤悠真并未出现，他的目光或许正聚焦于更庞大、更黑暗的漩涡。这艘游轮上的惨剧，对他而言，或许只是时代洪流中一朵微不足道却饱含人性之殇的浪花。
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