桓玄搬回上宫，把侍官们都召集到省中。任命扬州刺史新安王桓谦为征讨都督，让殷仲文代替桓修担任徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶紧派兵攻打刘裕，桓玄却说：“他们的士兵士气太猛了，这是抱着必死的决心来的。要是咱们这儿出点差错，那他们士气大振，咱们可就彻底没戏了。不如在覆舟山屯驻大军，等着他们来。他们白白跑了二百里地，啥也捞不着，锐气就会受挫。这时候突然看到咱们的大军，肯定得吓一跳。咱们按兵不动，摆好坚固的阵势，别跟他们正面交锋。他们求战不得，自然就会散去，这才是上策。”桓谦等人还是坚持要出击，桓玄没办法，只好派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后带兵北上。桓玄这时候害怕得不行。有人就安慰他说：“刘裕他们就是一群乌合之众，势力弱小，肯定成不了事儿，陛下您干嘛这么担心啊！”桓玄说：“刘裕那可是能称霸一世的英雄，刘毅家里穷得叮当响，赌博的时候却能一掷百万，何无忌跟他舅舅刘牢之简直一模一样。他们一起干大事，怎么会成不了呢！”
南凉王秃发傉檀忌惮后秦势力强大，就去掉了自己的年号，撤销了尚书丞郎等官职，还派参军关尚出使后秦。秦王姚兴质问关尚：“车骑将军（指秃发傉檀）向我表示归降称臣，却擅自兴兵修建大城，这难道是做臣子该有的态度吗？”关尚回答说：“王公们设置险阻来守卫自己的国家，这是先王定下的规矩。车骑将军地处偏远的藩地，又紧挨着强大的敌人，修建大城是为国家设置多一道防御，没想到陛下您却对此有所怀疑。”姚兴觉得他说得有道理。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没答应。
之前，袁真杀了朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃去投奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰就把袁真的棺材挖出来，鞭尸泄愤。桓温很生气，要杀了朱绰，桓冲出面求情才免了他一死。从此朱绰侍奉桓冲就像侍奉父亲一样，桓冲去世后，朱绰伤心到吐血而死。刘裕攻下京口后，让朱绰的儿子朱龄石当了建武参军。三月戊午初一，刘裕的军队在江乘和吴甫之碰上了。开战前，朱龄石对刘裕说：“我们家世代受桓家的厚恩，我实在不想拿刀跟他们对着干，请求让我留在队伍后面。”刘裕觉得他挺重情义，就答应了。吴甫之是桓玄手下的猛将，他带的兵也特别精锐。刘裕手里拿着长刀，大喊着冲向敌阵，敌人纷纷躲避，刘裕当场就把吴甫之给斩了，然后进军到罗落桥。皇甫敷带着几千人迎战，宁远将军檀凭之战败身亡。但刘裕越战越勇，皇甫敷把他围了好几层，刘裕背靠大树，顽强抵抗。皇甫敷说：“你想怎么个死法！”说着就拔出戟要刺刘裕，刘裕瞪大眼睛，大声呵斥，皇甫敷被吓得后退。不一会儿，刘裕的援兵到了，一箭射中皇甫敷的额头，他摔倒在地，刘裕趁机提刀上前。皇甫敷说：“你有天命在身，我把子孙托付给你了。”刘裕杀了他之后，好好安抚了他的遗孤。刘裕把檀凭之原来带领的兵交给参军檀祗统领。檀祗是檀凭之的侄子。
桓玄听说两位大将战死，吓得不轻，赶紧召集各路道士术士，又是推算吉凶，又是搞厌胜之术。他还问大臣们：“我是不是要败了啊？”吏部郎曹靖之回答说：“现在民怨沸腾，连神灵都发怒了，我实在害怕。”桓玄问：“老百姓有怨气还能理解，神灵为啥发怒呢？”曹靖之回答：“晋朝的宗庙漂泊在江边，咱们大楚祭祀，都不包括祖宗，这就是神灵发怒的原因啊。”桓玄又问：“你为啥不早劝我？”曹靖之回答：“您身边那些大臣都觉得现在是尧、舜一样的太平盛世，我哪敢说啊！”桓玄听了，沉默不语。他派桓谦以及游击将军何澹之驻守东陵，侍中、后将军卞范之驻守覆舟山西面，兵力总共两万人。
三月己未，刘裕的军队吃完饭后，把剩下的粮食都扔了，进军到覆舟山东面。刘裕让老弱残兵登山，多树旗帜，制造疑兵，分好几路一起向前，把山谷都填满了。桓玄的侦察兵回去报告说：“刘裕的军队到处都是，不知道有多少人。”桓玄更加担忧害怕，又派武卫将军庾赜之率领精锐士兵去增援各路军队。桓谦等人的士兵大多是北府兵旧部，向来敬畏刘裕，这会儿都没了斗志。刘裕和刘毅等人把军队分成好几队，向桓谦的阵地发起突击。刘裕身先士卒，将士们也都拼死作战，个个以一当百，喊杀声震天动地。当时东北风刮得很急，刘裕就下令放火，大火熊熊燃烧，浓烟冲天，战鼓声和喊杀声震动了京城，桓谦等人的各路军队一下子就崩溃了。
桓玄虽然派兵去抵挡刘裕，但心里早就想好了要逃跑。他偷偷让领军将军殷仲文在石头城准备好船只。听说桓谦等人战败后，桓玄带着几千亲信，假装要去参战，实际上带着儿子桓昇、侄子桓浚从南掖门出逃。路上碰到前相国参军胡籓，胡籓抓住他的马缰绳劝说道：“现在羽林军中还有八百能射箭的士兵，他们都愿意为正义而战。西部地区的人受了您桓家几代的恩情，不带着他们去拼一战，就这么舍弃他们，您能心安吗！”桓玄不回答，只是举着马鞭指向天空，然后挥鞭催马就跑，往西直奔石头城，和殷仲文等人乘船往江南逃走了。桓玄一整天没吃东西，手下人给他送来糙米饭，桓玄却难以下咽，桓昇抱着他的胸口安抚他，桓玄悲伤得难以自抑。
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