零号机带着朗基努斯之枪重返战场，绫波丽操控机体举起长枪，枪尖对准太空的鸟天使。可就在这时，鸟天使突然察觉到危险，照射的光柱骤然扩散，将零号机也笼罩其中。
绫波丽的意识瞬间坠入深渊。无数个“自己”在她眼前浮现——培养皿里泡着的、穿着不同作战服的、甚至是孩童模样的绫波丽，像流水线上的产品，一模一样。
紧接着，画面切换到赤木直子的实验室，孩童模样的第一任绫波丽，正仰着头对赤木直子说：“碇司令讨厌你，你只是他的弃子，现在没用了。”
赤木直子的脸瞬间扭曲，她冲上去掐住第一任绫波丽的脖子，直到那小小的身体不再动弹。随后，赤木直子爬上实验室的窗台，纵身跳下——那坠落的身影，像一片凋零的叶子。
“我只是消耗品，多余的情感不应该产生……”绫波丽的声音在驾驶舱里响起，空洞得没有一丝起伏。自己只是无数个复制品中的一个，没有人期待她的存在，也没有人会为她的消失难过。零号机的动作骤然停下，朗基努斯之枪悬在半空，不再移动。
“绫波！”碇真嗣大喊，想要操控初号机冲过去夺过长枪。可下一秒，光柱也笼罩了初号机，他的意识瞬间被拽进记忆的漩涡。
他看到母亲碇唯穿着白色实验服，站在EVA的核心舱前，脸上带着温柔的笑容。随后，实验舱的警报响起，红色的警示灯闪烁，母亲的身影逐渐被光芒吞噬。他听到碇源堂的声音：“唯，这是为了人类补完计划。”他终于明白，自己一直驾驶的初号机，核心里装着的是母亲的灵魂，而这台机器，正是杀死母亲的“罪魁祸首”。
“妈妈……”碇真嗣的手指松开了操纵杆，初号机的动作也停了下来。雨还在下，光柱笼罩着三台EVA，天穹上的鸟天使依旧盘旋，而地面上的三个少年少女，都被困在了各自的心之深渊里，无法挣脱。
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