地皇神农氏尝百草、育五谷，奠定人族生存之基，功德圆满，成就半步混元（亚圣），入驻火云洞，隐为幕后守护神。人族在其福泽下，人口暴增，部落愈发繁盛，活动范围急剧扩大。
然而，新的问题也随之涌现：部落间为争夺资源、土地、人口，摩擦日益增多，冲突渐起；四方蛮夷、妖兽精怪，亦时常侵扰；统一的伦理、律法、文字、度量衡缺失，交流与管理困难。人族，迫切需要一位能整合诸部、平定祸乱、建立秩序、开创文明新纪元的领袖！
这一日，紫微垣中，段风（无涯道人）静观洪荒气运流转，推演天机。
“神农之功，在于‘生养’；下一任人皇，当主‘征伐’与‘一统’，以武定鼎，以文治国，方能使人族真正屹立于洪荒万族之林。”他目光投向了人族西北方向，一个名为有熊的部落。“时机将至，吾之‘武祖’化身，当入世应劫，完成此业。”
心念一动，那尊曾于人族初生时传下武道、早已与洪荒人道气运紧密相连的武祖化身，悄然投入六道轮回，转世于有熊部落首领少典之家。其母附宝，见电光绕北斗枢星，感而怀孕，历时二十四月而生下一子，生而能言，聪慧过人，更兼体魄强健，异于常人，取名轩辕。
轩辕降世，便有异象，武祖根基暗藏，注定不凡。
与此同时，天庭凌霄宝殿中，昊天上帝与瑶池金母亦观气运变化。
“陛下，人族三皇，天地人。地皇已归位，这第三任人皇，主兵戈征伐，乃是确立天地秩序之关键，功德无量！我天庭欲统御三界，此人皇之争，不可不争！”太白金星进言。
昊天颔首：“爱卿所言极是。传朕旨意，遣九天玄女下界，授轩辕天书三卷（兵法、阵法、道术），助其平定天下！另，册封其为人皇，代天巡狩，以示天庭正统！”
天庭欲借此插手人族事务，分润人皇功德，巩固自身权威。
几乎同时，龙界之中，龙族亦有所动。祖龙虽已隐居，但龙族高层如应龙等，深知人族乃未来天地主角，气运所钟。且龙族与人类早有渊源（传说伏羲氏乃雷龙之子），若能助人皇定鼎，可得大气运，重振龙族声威于洪荒（即便主体在龙界，洪荒影响力亦重要）。
“应龙听令！尔可下界，辅佐明主，建功立业，扬我龙族之威！”龙族长老下令。
九天玄女携天书与天兵天将化身下界，应龙率部分龙族精英出龙界，皆往有熊部落，欲投资轩辕，搏一个从龙之功。
而另一方面，在遥远的巫界，十三祖巫（包括后土化平心后新造的蚩尤祖巫）亦关注着洪荒人族的动向。巫族虽退出洪荒主流，但对其诞生之地，仍有眷恋，且对人族这“小弟”的快速发展，心情复杂。
这一日，段风（本尊）的神念，悄然降临巫界，直接与那位以战意与强悍肉身着称的新祖巫蚩尤交流。
“蚩尤道友，别来无恙。”段风开门见山。
蚩尤祖巫虽为新晋，但实力强悍，好战冲动，对洪荒之事颇为关注，尤其是人族那越来越强的武道气息，让他有些手痒。见是混元大罗金仙无涯圣人神念降临，也不敢怠慢：“原来是圣人驾临，不知有何指教？”
段风道：“道友可知，洪荒人族，即将迎来一场大整合，兵主将出？”
蚩尤眼中战意一闪：“略有感应。怎么，圣人是想让我巫界避让？”
“非也。”段风摇头，“恰恰相反，贫道是来给道友一个机会，一个既能圆满道友祖巫之身，又能了结巫人因果，甚至可能为巫族在洪荒未来争得一席之地的机会。”
蚩尤兴趣大增：“哦？请圣人明示！”
段风道：“道友虽为祖巫，然根基乃十一祖巫精血与后土本源强行催生，虽力量强横，却与洪荒大地、与盘古血脉的契合，尚有细微瑕疵，未能达到昔日十二祖巫那般浑然天成之境，可对？”
蚩尤沉默，这确实是他的一个心病。段风继续道：“如今，人族之中，有一支名为‘九黎’的部落，乃上古巫人通婚所遗，血脉中兼具巫族强悍与人族灵慧。道友若能分出一缕本源精魂，转世于九黎部落，以巫人血脉为基，重走一遍成长之路，亲身经历人族纷争，感悟大地浊气与血脉共鸣……待你觉醒之时，不仅祖巫肉身可趋至圆满无瑕，更能真正统领九黎，参与这人皇之争！胜，则可使人族融入更多巫族文化，共享气运；败，亦能了断因果，圆满已身，不亏。”
蚩尤闻言，眼中精光爆射！这个提议，太对他的胃口了！既能战斗，又能提升实力，还能为巫族争光！
“好！就依圣人之言！”蚩尤毫不犹豫，立刻分出一缕蕴含狂暴战意与祖巫本源的精魂，投入轮回，转世为九黎部落的首领之子，亦名蚩尤！此蚩尤，生来铜头铁额，骁勇善战，更能吞沙食石，驾驭猛兽，迅速成为九黎部的领袖。
于是，洪荒大地上，格局渐明：
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