推辞了部分过于显赫、容易引人嫉恨的封赏，并以谦逊姿态成功化解了“功高震主”的潜在危机后，林轩并未在“靖国公”的尊荣光环中有丝毫沉醉或懈怠。他比任何人都清楚，夏皇此刻的信任与倚重，很大程度上是建立在北境大捷所带来的巨大政治收益和暂时无人可替代的基础之上；朝堂之上那些看似真诚的赞誉与追捧，更是如同镜花水月，随着利益格局的变动随时可能消散甚至转化为恶意的攻讦。在这风云变幻的乱世，唯有切实掌握在自己手中的力量，才是安身立命、进而实现心中宏图的根本保障。
而他当前所能掌握的最核心、最合法、也最具潜力的实力平台，无疑便是“镇魔司”。
被夏皇正式任命为镇魔司大都督，统辖全国一切镇魔司事务，这道旨意赋予了林轩名正言顺地对这个庞大机构进行深度改造和强力扩张的最高权限。他几乎立刻就将绝大部分精力，从繁琐的北境军务善后、各方势力的应酬周旋中抽离出来，全身心地投入到了对镇魔司的全面整顿与强化之中。这在外人看来，或许是“急流勇退”或“不恋权位”，但实则是林轩极具战略眼光的一步棋——他要将镇魔司，从一个相对松散、职能单一、主要侧重于侦查和应对各地零散妖魔事件的“特殊事务部门”，彻底改造成为一个组织严密、权责清晰、反应迅捷、战斗力彪悍，并且能够深度介入乃至影响帝国安全核心事务的强力机器。
第一步：大刀阔斧的架构改革，确立清晰权责体系。
林轩以大都督之名，颁布了酝酿已久的《镇魔司新制条例》，首先便对机构臃肿、层级过多、办事推诿、效率低下的原有架构动了大手术。
设立“八方巡狩使”，强化垂直管理： 他将帝国全境（包括新收复的北境三州）依据地理、人口、妖魔活动频率等因素，科学地划分为八个大区。每个大区设一名“巡狩使”，官秩从三品，代表大都督坐镇一方，被赋予极大的自主权，包括辖区内镇魔司人员的考核任免、财政经费的调度使用、一般性妖魔事件的处置决断等，只需定期向大都督府述职并接受督察司监察。此举一举改变了以往地方镇魔司对京城总部依赖过重、遇事层层上报、贻误战机的弊病，既加强了中央对地方的垂直控制力，又极大地提升了地方应对突发事件的效率和灵活性。八位巡狩使人选，林轩亲自把关，或从靖安阁学派中擢升忠诚干练、精通实务的骨干，或从北疆边军中选拔熟悉军务、作风硬朗的将领，确保政令畅通。
细化总部司职，构建专业分工： 在镇魔司总部（大都督府），除了保留并强化原有的“侦查司”（负责情报搜集、妖魔动向监控）、“缉捕司”（负责精锐行动、要案侦办）、“档案司”（负责卷宗管理、妖魔资料库建设）外，林轩顶住部分元老的阻力，力排众议，新设了数个关键部门：
战略研究司： 由精通风水堪舆、星象卜算、妖魔习性的能人异士组成，负责综合分析各地上报的妖魔活动数据，研判其大规模异动的规律和可能的目标，为全局决策提供前瞻性战略预判，变被动应对为主动防御。
技术开发司： 汇聚了来自靖安阁及招募的能工巧匠、符箓师、阵法师，专门负责研发、改进、标准化生产各类对付妖魔的特种装备，如破魔弩箭、诛邪刀剑、防护法衣、探测罗盘、通讯法器、便携阵法等，致力于提升镇魔司的整体科技水平和装备优势。
后勤保障司： 统筹全国镇魔司的经费、物资、丹药、马匹等后勤补给，建立高效的调配体系，确保一线人员无后顾之忧。
督察司： 独立于其他部门，直接对大都督负责，手握重权，专司内部纪律监察、贪腐稽查、风纪整肃，确保镇魔司的纯洁性与执行力。
这一系列改革，使得镇魔司总部从一个简单的指挥中心，转变为一个集决策、研发、保障、监督于一体的现代化、专业化大脑中枢，各部门权责清晰，相互协作又相互制约，运行效率陡增。
第二步：打破陈规的人才选拔与系统化培养，注入蓬勃生机。
林轩深知，任何组织的核心竞争力在于人才。他坚决打破了过去镇魔司选人用人看重师门背景、世家关系的陋习。
唯才是举，广纳贤能： 明令宣告，镇魔司招纳人员，不同出身门第，唯才是举。无论是名门正派的弟子、散修高手、军中锐卒，还是身怀绝技的匠人、医师、甚至对妖魔习性有特殊了解的民间奇人，只要通过严格的能力、心性考核，证明其忠诚可靠，皆可录用。此令一出，天下震动，大量因出身而郁郁不得志的人才纷纷来投，极大地改善了镇魔司的人员结构，注入了新鲜血液。
建立讲武堂，标准化培训： 林轩在京城西郊选址，投入重金，建立了“镇魔司讲武堂”，并亲自担任名誉堂主（实际教务由靖安阁学派中理论扎实、经验丰富的骨干负责）。规定所有新入职人员，无论背景如何，必须接受为期三个月至半年不等的全封闭、标准化集训。培训内容极其务实，包括：常见及稀有妖魔的辨识与弱点分析、基础炼气法门与实战格杀技巧、小队战术配合与协同作战演练、各类法器和阵法的使用与维护、乃至帝国律法、镇魔司纪律条例等。对于在职人员，也实行严格的轮训制度，定期回炉重造，更新知识，提升技能，确保整体素质不掉队。
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