营啸的余烬尚未完全冷却，焦糊味与淡淡的血腥气还在曹州西城某些角落萦绕不散，一场更为深刻、更为坚决的变革，已在黄巢的铁腕下紧锣密鼓地展开。这场危机如同一次凶险的发热，虽未致命，却彻底暴露了机体内部的病灶与脆弱。下猛药，动手术，已成必然。
肃清是第一步，且必须以雷霆之势。陈平得到了前所未有的授权和资源。他手下的密探和可靠的教导队、军法队成员组成联合稽查队伍，如同最精密的梳子，以营啸事件为突破口，开始对整个曹州军政体系进行拉网式梳理。
刘记布庄被查封，账房文士在严密看押下，承受着日夜不休的轮番审讯，精神防线逐渐崩溃，开始吐露他所知的汴州唐军情报网络在曹州及周边的人员名单、联络方式、传递手法。茶摊瘸腿老板、工坊杂役王二，以及陆续被供出的十几名潜伏者，或被公开处决于西市口，或以“奸细”罪名在军营内部秘密处死。他们的首级或尸体被悬挂示众，旁边贴着盖有将军府大印的罪状，历数其“勾结外敌、散播谣言、煽动内乱、图谋不轨”之罪。行刑过程公开而迅速，充满了不容置疑的肃杀之气，既是为了震慑潜在的效仿者，也是为了尽快了结此案，避免牵连过广引发新的恐慌。
孙大眼及其不愿继续留用的二十余名旧部，在众目睽睽之下被杖责后（孙大眼本人八十军棍，打得皮开肉绽，半死不活），剥去衣甲，没收兵刃钱粮，仅着一身单衣，被驱赶出曹州地界，永不许回。望着他们狼狈蹒跚消失在官道尽头的背影，许多新近投奔、心中尚有犹疑或骄纵之气的人，都感到脖颈后一阵发凉。大将军的仁慈有底线，而触犯底线的代价，沉重无比。
内部清洗带来的阵痛是剧烈的。一时间，曹州城内风声鹤唳，人人自危，尤其是新来者和与原曹州旧势力有瓜葛的人。但黄巢和陈平都清楚，乱世用重典，不如此不足以迅速稳定局面，廓清内部。他们同时严令，稽查须有确凿证据，不得诬告，不得株连无辜。赵璋、尚让等人也极力安抚各部门，确保核心政务和军务在动荡中依然能够基本运转。
肃清是破，整编则是立。
营啸平息后的第三日，将军府议事堂内，气氛凝重。黄巢、尚让、王璠、孟黑虎、赵璋、陈平，以及被紧急召回的葛老七、鲁方（火器工坊事务暂由可靠副手代理）等人齐聚。
“内奸虽除，然营啸之根，在于新附之众未经甄别教化，良莠不齐，建制混乱，军心不稳。”尚让率先开口，他手中拿着一份连夜赶制的草案，“若不能趁此机会，彻底整顿军伍，建立稳固可靠之新军，今日之乱，明日必重现，且唐军虎视眈眈，绝不会给我等太多喘息之机。”
黄巢颔首：“尚兄所言极是。整编方案，可有了？”
“有。”尚让将草案铺在案上，“其一，重新编组全军。摒弃旧有杂乱名号，依我大齐新制，暂设‘前、后、左、右、中’五军。中军为老营精锐及最可靠之新锐，由大将军直辖，王璠、孟黑虎分任副将，以为全军骨干与总预备队。前、后、左、右四军，以老营将士为骨架，混合甄别合格之新附士卒，重新编组成‘营-队-火’三级。每火十人，设火长；三火一队，设队正；三队一营，设营正。营正以上军官，暂由老营将领或考核合格之原军官担任，新附者最高可至队正，需立战功或经严格考评方可晋升。”
他顿了顿，继续道：“其二，强化教导队。教导队不再仅限于宣讲军规，需下沉至各‘火’，协助火长管理士卒思想，教授基本战技，宣讲大义。教导队员从各营选拔忠诚可靠、略通文墨、明晓事理之老兵或军吏，集中培训后派任。其三，设立‘随营学堂’。选拔年轻聪颖、立场坚定之士卒或军中子弟，教授文字、算学、简单舆图及军令传达，以为未来军官之储备。”
“其四，”尚让看向葛老七和鲁方，“火器之利，已得验证。然使用混乱，难成规模。建议专设一‘霹雳营’，直属中军。精选悍勇敢死、心细沉稳之士卒，由葛道长、鲁师傅或其高徒传授火器使用、维护乃至简易布设之法。此营专司火器作战，平日严格训练，战时听大将军调遣，用于关键之处。”
“其五，裁汰冗弱。经此乱后，对现有士卒，尤其是新附者，进行二次甄别。凡年迈体弱、心怀异志、或明显不堪战阵者，或转为辎重辅兵，或发放少量钱粮遣散。宁缺毋滥，务必使留营者皆为可战、敢战、愿战之兵！”
尚让的方案，系统而务实，既考虑了当前的混乱局面，又着眼未来的军队建设。众人听罢，纷纷点头。
黄巢沉思片刻，补充道：“尚兄所虑周详。此外，军官考评，需立章程。不只凭资历勇力，更要考其带兵之法、是否廉洁、能否与士卒同甘共苦。此事由尚兄主理，文长协助。‘随营学堂’甚好，可即刻筹办，我亲自兼任‘祭酒’，讲授第一课。火器营……就叫‘震雷营’吧，由鲁方暂领营正，葛道长任监造与总教习。孟黑虎。”
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