从玄武门回到宫中，黄巢并未休息，而是直接召见了林风、周琮、赵石以及新加入京兆府的李延等人，在偏殿中召开了一场简短的会议。
“皇城各衙署初步控制，但人心未定。”黄巢开门见山，“尤其是三省六部、御史台、诸寺监等重要衙门，必须尽快肃清。杜谦正在处理京兆府政务，此事由林风总责，周琮辅之。赵石继续负责全城防务治安。”
他扫视众人：“肃清之要，不在杀人，而在清理。具体而言：第一，所有留任官员胥吏，三日内必须重新具结，写明籍贯、履历、家产，并至少由两名同僚或五名街坊作保，保证效忠新朝、绝无二心。凡拒不具结、或无人敢保者，一律去职。”
“第二，清理档案。各部司所有文书档案，特别是户部田亩户籍、兵部军籍图册、工部河工城建图样，必须逐一清点造册，由专人看管。凡有遗失、损毁、篡改者，严查到底。”
“第三，清点府库。户部太仓、司农寺常平仓、少府监内库、以及宫中各库，必须彻底盘查。粮食、布帛、金银、器用，都要有详细账目。凡有亏空、私藏、监守自盗者，依军法处置。”
“第四，收容安置。宫中未逃宦官宫女、皇亲国戚滞留者、前朝官员家眷等，集中安置于掖庭宫及几处闲置殿宇，按口供给米粮，严禁虐待，但也严禁随意出入走动。待局势稳定后，再行处置。”
一条条命令清晰明确，众人纷纷领命。
“李延。”黄巢看向那个年轻书生。
“学生在。”李延连忙躬身。
“你随林将军参与肃清，主要负责记录。所见所闻，无论好坏，据实记载。特别是官吏百姓的反应、遇到的阻力、发现的问题，都要详实记录。每日向我禀报一次。”
“学生遵命！”李延眼中闪过一丝兴奋。这不仅是信任，更是给了他一个观察新朝建立过程的机会。
会议散后，肃清行动立刻展开。
林风率领三百精锐，手持黄巢手令，从尚书省开始，逐一清理皇城内的衙门。
尚书省衙署位于皇城东南，毗邻宫城。当北伐军士兵列队进入时，留守的数十名小吏和低级官员惶恐不安地聚集在正堂前的院子里。这些人大多品级低微，逃无可逃，只能留下听天由命。
林风登上台阶，朗声宣布新政：“……凡愿效忠大齐者，即刻登记具结，三日内完成。凡有真才实学、熟悉政务者，新朝自当量才录用，不问出身。凡阳奉阴违、暗中破坏者，军法无情！”
一名头发花白的老主事颤巍巍出列，拱手问道：“敢问将军，这‘具结’……要怎么写？保人……又该如何找？”
林风示意李延上前。李延拿出一份早已准备好的文书样本，上面清晰地列明了格式要求：“姓名、籍贯、年岁、原任官职、家产几何、是否曾鱼肉百姓、是否愿效忠大齐新政……”
“保人可以是同衙同僚，也可以是街坊邻里，只需签字画押，证明你所言属实即可。”李延补充道，“若无保人，也可由我军中两名伍长以上军官作保——只要你确实清白，无人指证你有劣迹。”
这条件可谓宽大。许多原本惴惴不安的胥吏松了口气，开始排队登记。
但并非所有衙门都如此顺利。
当队伍来到门下省时，遇到了阻力。门下省掌封驳诏令，地位尊崇，留下的几名官员多是科举正途出身，自视甚高。一名从六品给事中拒不具结，昂然道：“某乃大唐进士，食君之禄，忠君之事。岂能向逆贼具结效忠？要杀要剐，悉听尊便！”
场面一时僵持。林风皱了皱眉，按剑上前。就在这时，李延忽然开口：“阁下可是乾符二年进士及第的王璞王给事？”
那人一愣：“正是。你是何人？”
“学生万年李延，曾读过阁下当年及第时所作的《治河策》，其中‘疏堵结合，以疏导为主’之论，至今想来仍觉精辟。”李延拱手，语气诚恳，“学生有一问请教：阁下当年作《治河策》，是为治黄河水患，造福沿岸百姓。如今黄泛区百姓流离，饿殍遍野，阁下若死守忠君之念而舍弃为民之心，与当年作策济世的初心可还相符？”
王璞怔住了，张了张嘴，竟无言以对。
李延继续道：“学生听闻，大将军入城后第一件事便是开仓赈济，第二件事便是整顿漕运、准备治河。若阁下真有治世之才，与其殉一已覆之王朝，何不留下有用之身，为天下苍生尽一份力？为民造福，方是真忠；愚忠一人，不过虚名。”
一番话，软中带硬，情理兼备。王璞脸色变幻，最终长叹一声，颓然坐到椅上：“罢了……登记吧。”
这一幕被李延详细记入当日的记录中。
清理到御史台时，发现了问题。御史台掌监察，档案中多有各级官员的弹劾奏章和调查案卷。但军士们清点时发现，有关神策军中尉田令孜及其党羽的弹劾卷宗，几乎全部缺失，只剩下空荡荡的匣子和目录。
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