封赏的诏书墨迹未干，空气中还弥漫着功臣们或志得意满、或暗藏计较的复杂气息，一场更深层次、也更触及根本的变革，便已如无声的潮水，开始浸润大齐王朝新生的肌体——这便是官制的正式确立与推行。
《大齐开国官制纲要》的最终定稿，在杜谦主持下，经过与黄巢反复商议、与核心文武多次辩论，终于在六月底呈于御前。这份纲要摒弃了完全照搬唐制的思路，也非凭空臆造，而是在“效率、公平、制衡”三原则下，对旧有架构进行了大胆的拆分、合并与创新。
纲要的核心，是确立了以“三府六部一台”为主干的中枢架构。
“三府”指：中书府、门下府、尚书省。名称沿用，但职能与关系进行了调整。中书府掌机要决策、诏敕起草，长官为中书令（杜谦兼任），权力较唐时更为集中；门下府掌审议封驳、监察礼仪，长官为侍中（暂由陆贽担任），保留了制衡中书的职能，但审议范围有所限缩，重点在于确保政令不违基本法度与皇帝意志；尚书省仍为最高行政机构，下辖吏、户、礼、兵、刑、工六部，但尚书令虚置（黄巢自领），以左右仆射（杜谦兼左仆射，右仆射暂缺）为实际长官，总理政务。
在“三府”之外，新设“枢密院”，与中书、门下、尚书并称“四府”，专掌军机、武官选授、边防镇戍、地图舆马之政，直接对皇帝负责，长官为枢密使（林风担任）。此举将军权从传统的兵部及宰相体系中相对独立出来，既强化了中央对军队的控制，也体现了新朝对武备的重视。
“一台”则为“都察院”，由原察访司升格改制而来，独立于行政与军事系统，专司监察、弹劾百官，长官为左都御史（暂缺，由黄巢直接掌管），下设十三道监察御史，巡视地方。都察院拥有独立奏事、风闻奏事（但需对重大弹劾负责）之权，成为悬在百官头顶的一柄利剑。
此外，还有一系列直属皇帝的机构，如“度支司”（掌国家财政预算、审计、仓储）、“将作监”（掌工程制造）、“司农寺”（掌农业仓储）等，或沿用旧名而职权调整，或为新设。
地方官制亦有革新。废节度使（暂时保留少数边镇，但削其财权、监察权），改设州、县两级。州长官为刺史，县为县令，均由中央直接任命。重要州郡，增设“防御使”或“团练使”掌军事，与刺史分权制衡。同时，都察院的监察御史分区巡按，直接向中央报告地方吏治民情。
官制改革的另一项核心，是选官制度的初步确立。明确“科举取士”仍为主流，但内容需改革，增加策论、实务比重，减少浮华诗赋。同时，开辟“荐举”、“军功转文”、“吏员考绩升迁”等多种途径，旨在打破世家对仕途的垄断，为寒门及有实际才干者开辟通道。首次“开平科举”定于明年春举行，诏令已下，天下震动。
这份纲要，连同详细的各部门职责、品级、员额、俸禄规定，在七月初一的大朝会上，由杜谦向满朝文武正式宣读。宣读完毕，殿中一片寂静，随即响起了压抑不住的嗡嗡议论声。
冲击是巨大的。许多原唐朝官员，尤其是中高层，发现自己熟悉的职权范围被重新划分，一些部门被合并或削弱，而像“枢密院”、“都察院”、“度支司”这样的新设机构，则掌握了令人侧目的重权。军权独立，财权集中，监察强化——这无疑极大地加强了皇权，也改变了权力运行的逻辑。
林风对枢密院的设立最为满意，这意味着军队系统有了独立且高规格的发言平台。但一些习惯了军政一把抓的将领，对地方上军事长官与行政长官分设、且受监察御史监督的安排，则感到束缚。
文官系统内，反应更为复杂。杜谦位极人臣，兼领中书令、尚书左仆射，权势熏天，但同时也被置于都察院和门下府的监督制衡之下。陆贽执掌门下，看似清贵，实则审议之权被限定，更多是礼仪与程序性职能。六部官员则需适应新的上级（尚书省）和同僚（来自其他途径升迁者）。
最受震动的，莫过于那些依靠门荫、旧关系的官员。新的选官途径，尤其是对“吏员考绩”和“荐举担保责任”的强调，意味着混日子、靠关系的时代可能一去不复返。而都察院的设立，更让许多人感到脊背发凉。
孔纬在府中细细研读了颁布的官制纲要全文，掩卷长叹：“集权于上，分权制衡于下；重实务而轻虚文；开寒门而抑豪右……此制若行，确与前朝气象迥异。然操之过急，恐生变乱；推行得人，或可收奇效。黄巢……陛下之魄力，非常人可及。”
七月开始，新官制进入实际推行阶段。首要便是中央各衙署的调整与人员的重新安置。
调整并非一帆风顺。吏部（原为尚书省六部之首）在根据新制厘定、分流官员时，遇到了巨大阻力。许多官员不愿离开原有职位，或对新职位不满，或对与新同僚（尤其是寒门、军转人员）共事心存芥蒂。哭诉的、请托的、暗中抵制的，各种手段层出不穷。
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