开张风波后，“妙手仁心馆”并未沉寂，反而在苏晓晓和胡大夫的坚持下，更加有条不紊地运转起来。前来看诊的患者虽不如开张首日那般汹涌，却也渐渐恢复了正常流量。苏晓晓每日坐诊、指导学徒、研究医案、改良药方，同时协助南宫曜分析“影阁”遗留的线索，日子忙碌而充实。
南宫曜则动用了更多明暗力量，追查“甲三”备用点、“养尸地”以及三皇子与“影阁”可能存在的联系。影七带人如同猎犬般在偌大的王都地下和阴影中搜寻，赵锋则配合朝廷力量，清查可疑场所和人口。然而，“影阁”隐藏极深，留下的线索断断续续，进展缓慢。
就在这看似胶着的平静（实则暗流汹涌）中，王都西城突然爆发了一场不大不小的“时疫”。
最初只是西城“柳条巷”的几户人家，陆续有人出现发热、咳嗽、身上起红疹的症状，起初以为是普通的风寒或疹子，但很快，病情迅速恶化，高烧不退，红疹溃烂流脓，传染性极强，短短两三日，便蔓延了小半个西城，已有数十人病倒，数名体弱者不治身亡。
京兆尹衙门和太医院立刻介入，将发病区域隔离，派出医官诊治。但此次疫病症状诡异，与常见的伤寒、天花、鼠疫等皆不相同，且对常规药物反应不佳，太医院一时也束手无策，疫情有扩散趋势，西城人心惶惶。
消息传到清漪园时，苏晓晓正在药房指导学徒分辨几味易混淆的药材。听闻疫情描述，她心头猛然一跳，某种不祥的预感涌上心头。
“胡大夫，您怎么看？”她询问一旁同样面色凝重的胡守仁。
胡大夫捋着胡须，眉头紧锁：“发热、红疹、溃烂、传染……听起来确实罕见。但据报，患者并未出现大规模的吐泻或咳血，与烈性疫病又有些差异。老夫需亲眼看过病人，方能判断。”
“我去看看。”苏晓晓当即决定。她并非圣母心泛滥，而是直觉此事可能与“影阁”或教廷的阴谋有关。那些邪恶的实验和药剂，难保不会制造出新型的“生物武器”。而且，疫区在西城，距离清漪园和之前发现的“影阁”地下活动区域并不算远。
南宫曜得知后，虽担心她的安危，但也明白事情的严重性，立刻安排了严密的护卫，并征得太医院和京兆尹的同意（皇帝也暗中默许），让苏晓晓以“民间医者协助”的身份，进入疫区外围（被隔离的街区外设立的临时医棚）进行探查。
次日，苏晓晓带着胡大夫、阿墨（阿墨强烈要求跟随，苏晓晓考虑他对异常气息的敏感或许有用，且已做好周全防护）以及几名胆大心细的学徒，在赵锋和一小队东宫侍卫的保护下，来到西城疫区外围的临时医棚。
医棚内气氛压抑，弥漫着浓重的药味和绝望的气息。几名太医院的医官正焦头烂额地忙碌着，见到苏晓晓一行人，得知是太子派来协助的，虽有些惊讶于苏晓晓的年纪和性别，但此时也顾不得许多，简单介绍了情况。
苏晓晓仔细询问了发病过程、症状细节、用药反应，又查看了几位症状较轻的患者（重症者已单独隔离）。患者面赤发热，身上红疹密布，有些已经破溃，流出黄绿色的脓液，散发着一种淡淡的、难以形容的腥甜与腐败混合的气味。患者精神萎靡，但神志尚清，痛苦呻吟。
她戴上特制的口罩和手套（用多层细棉布浸过药液制成），小心地为一名患者诊脉。脉象浮数而滑，但内里却有一股阴寒滞涩之感，邪气并非单纯外感，更像是从内而发，且盘踞极深。
她又仔细检查了破溃的皮疹，用银针（消毒后）挑取了一点脓液，放在特制的琉璃片上观察（利用系统兑换的简易显微镜功能辅助）。脓液在微观视野下，呈现出一种不正常的暗绿色，其中活跃着大量形态怪异的微小生物（细菌？），与她所知的任何常见致病菌都不同，且这些微生物似乎对阳光（她让助手将样本移至窗边）有极其轻微的不适反应。
“不是天然疫病。”苏晓晓心中有了初步判断，“更像是……人为制造的毒素或病原体感染。”她想起“影阁”实验记录中提到的“腐化之血”和那些邪恶的药剂。
“阿墨，你有什么感觉？”她低声问身边全副武装、只露出眼睛的阿墨。
阿墨小脸绷得紧紧的，隔着口罩闷声道：“姐姐，这些人身上……有很淡很淡的，和那天后院那个大坏蛋（指怪物）有点像的‘坏味道’，但混在病气里，很难闻出来。还有……地下面，好像有东西在‘漏’，那种‘坏味道’就是从一些地方慢慢‘漏’上来的，但很慢很慢。”
地下？泄露？苏晓晓和胡大夫对视一眼，都想到了某种可能——“影阁”的地下巢穴或“养尸地”发生了泄漏，污染了地下水或土壤？或者，他们故意释放了某种东西？
苏晓晓立刻将这个发现和猜测告知了在场的太医院医官和京兆尹官员。众人闻言皆是大惊失色。若真是人为投毒或地下污染，那性质就完全不同了！
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