作为对“失败者”的惩罚，冷酷而强大的超梦启动了特制的精灵球，无情地将刚才战斗输了的御三家本体收入其中。
小霞厉声质问他的意图，你要抢别人的神奇宝贝？
“抢？不对，”超梦的声音带着不容置疑的权威，它身后瞬间浮现出密密麻麻的精灵球，“我只是要制造出比你们的神奇宝贝更强的分身！”
“住手！你究竟想做什么？你自己弄清楚了没有？”建一的声音穿透混乱，问出了那个直指超梦存在意义的核心问题。
这个问题触动了超梦内心的迷茫，但它拒绝被质疑。“不准你指使我！”愤怒的超梦用念力将建一狠狠甩飞出去，“我的规则由我自己决定！”它随即操控着特制精灵球，如雨点般射向在场所有的神奇宝贝。
“大家快逃啊！”被甩飞的建一挣扎着大喊。然而，速度稍慢的神奇宝贝和他们的精灵球，只要被那特制球击中，便毫无抵抗之力地被收服。
“有了！”建一急中生智，“大家，让自己的神奇宝贝回到宝贝球里！”他迅速拿出自己的精灵球，收回了伙伴们，试图以此规避超梦的直接捕捉。可惜，超梦的特制球威力超乎想象，连收回球中的宝可梦也能强行吸走。“没用的，我制作出来的神奇宝贝球是无所不能的。”超梦对建一的小聪明嗤之以鼻。
“呆在这里不行！大家快到外面去！”小刚组织着众人向城堡大门撤退。建一眼睁睁地看着装载着自己大嘴蝠的精灵球被吸走，他内心焦急万分。“管不了这么多了！”建一没有跟随人群逃离，而是毅然决然地顺着精灵球汇集的管道方向追了上去——他要救回他的伙伴。
在城堡深处，建一发现自己踏上了冰冷的传送带。被抢来的精灵球正通过管道输送至此，在精密仪器的扫描下，每一只神奇宝贝的种类和名称被识别、分类，随后提取基因，用于制造一个又一个冰冷的分身复制品。
火箭队也意外地出现在这个隐秘的实验室，但建一无暇顾及他们为何在此。他的目光死死锁定在传送带尽头——那里，数条机械手臂正抓起精灵球，准备送入复制程序。
大嘴蝠的精灵球就在其中！
“对不起，我们的相遇可能不是那么的愉快，”建一在心中默念，同时爆发出惊人的力量和勇气，扑向机械臂，与冰冷的钢铁展开了激烈的争夺，“但是这次不管说什么我都不会放弃你！”
建一不顾一切地挣扎、撕扯，甚至损坏了一部分机械手臂。他顽强的抵抗干扰了系统，仪器无法准确分析他护在怀中的精灵球（或因其剧烈动作导致混乱），最终引发了系统短路。
巨大的短路引发爆炸。连锁反应下，所有刚刚制造出来的复制品神奇宝贝瞬间苏醒，如同潮水般涌出实验室，走向城堡大厅。同时，被抢夺走的精灵球也因为仪器损坏而纷纷打开，真正的神奇宝贝们重获自由，回到了各自训练家的身边。看到伙伴们（包括他的大嘴蝠、伊布等）都平安无事，建一悬着的心终于落下。
而在城堡大厅，留下的训练家们正与超梦紧张对峙。超梦正以胜利者的姿态宣告：“人类啊，我还不至于要你们的命，自己快点回去吧。”它用超能力打开城堡大门，门外的暴风雨咆哮着，“只要你们有办法平安穿过暴风雨。”
突如其来的爆炸声和复制品大军涌出的景象打断了超梦。“发生什么事了？”它第一次流露出困惑。
“不可原谅！你实在太不可理喻了！”建一带着被解救的宝可梦和训练家们从后方出现。小智三人看到建一安然无恙，惊喜万分。场面瞬间变成三方对峙：真正的训练家与他们的神奇宝贝、超梦、以及由复制品神奇宝贝组成的军团。
“是你放他们走的？”超梦的语气中带着一丝不易察觉的恼怒，目光锁定建一。
“我要保护我的神奇宝贝还有我的同伴！”建一斩钉截铁，怒火中烧，甚至想要冲上去与超梦进行一场最原始的肉搏。然而，超梦的强大念力如同无形的墙壁，轻易将他弹飞。就在建一即将撞上坚硬墙壁的瞬间，一个柔和的粉色泡泡神奇地出现，稳稳地接住了他。
建一抬头，认出了救星——梦幻！梦幻像个好奇的孩子，上下打量着建一，甚至调皮地戳破了泡泡，看着建一摔落又笑嘻嘻地制造新的泡泡当弹簧床玩。
梦幻的出现立刻吸引了超梦全部的注意力，同时也点燃了它内心最深处的执念与愤怒。“梦幻…被人称为最珍贵的神奇宝贝。我确实是经由你复制出来的，”超梦的声音充满了复杂的情绪，“但是最厉害的是我！我才是真正的本尊！能活下去的只有我！”它不由分说，向梦幻发起了猛烈的影子球攻击。
梦幻灵巧地瞬间移动躲避，两个传说中的存在在空中展开了惊天动地的追逐战。“为什么不跟我一决胜负？难道你怕我吗？”超梦的挑衅终于让梦幻认真起来。一次精准的预测攻击命中了梦幻，但梦幻却以彼之道还施彼身，将攻击反弹。这更激怒了超梦。
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