佑安元年，在国丧的余韵与朝局的微妙平衡中悄然到来。新帝年幼，太后垂帘更多是象征，实际权柄落在了七人辅政班子手中。而在这七人之中，文昌君林晚虽无具体职司，却因其特殊的声望、与皇帝（先帝及新帝）的关系、以及右相、林崇山的支持，隐隐成为一股不可忽视的力量，甚至被私下称为“顾问首席”。
林晚没有入住宫中，也未去内阁值房，依旧在清晏馆处理事务。但她每日都会收到来自各方（主要是右相、兵部、工部、以及滦州、南方等地）的简报和请示，她就重要问题给出书面意见或建议，由专人传递。这种方式，既避免了“干政”的指责（毕竟是“顾问”），又能实质性地影响决策。
她上任后的第一把火，便烧向了悬而未决的滦州通敌案。
在她的坚持和刑部尚书的推动下（新任刑部尚书深知此案关系自身地位和朝局风向，表现得相当积极），对通敌案的调查不再局限于滦州，而是延伸至京城。那个作为资金中转站的小银号被查封，掌柜和账房被隔离审讯。虽然银号幕后东家早已闻风潜逃，但账目往来还是被挖出了一些指向——与宫中内库局一名管事太监，以及礼部一位已致仕多年的老侍郎（钱谦益的同年）有间接关联。
线索再次若隐若现地指向宫廷和清流高层，但依旧缺乏直接、致命的证据。那名管事太监在被抓前“悬梁自尽”，留下遗书称“愧对皇恩，账目不清，以死谢罪”。老侍郎则卧病在床，言语不清，其家人坚称毫不知情。
案子查到这里，似乎又进入了死胡同。继续深挖，必然触及更多人的利益和敏感神经，甚至可能引发朝局更大动荡。辅政班子内部也出现了分歧：右相、刑部尚书、林晚主张一查到底，以绝后患；左相和那位宗室郡王则倾向于“适可而止”，认为主犯已死，线索中断，再查下去恐伤及无辜，动摇朝廷体面。
林晚知道，这是对方在丢卒保车，壁虎断尾。但她更清楚，若不趁此机会给予对方足够震慑，他们只会蛰伏起来，等待下一次反扑。她在提交给辅政会议的书面意见中写道：“……通敌卖国，乃十恶不赦之首。今虽元凶伏诛，然其能成事，必有朝中奥援、宫中内应。若因线索中断便草草结案，则国法威严何存？侥幸之心何戢？日后若有效仿者，又当如何？查案非为株连，实为廓清朝堂，以儆效尤。当循现有线索，明查涉事人员职权交往、利益往来，公之于众，即便最终无法定罪，亦可使奸佞知所畏惧，正气得以伸张。”
最终，在右相和林晚的坚持下，辅政会议决定：将此案已查实的部分（王乡绅通敌、刘疤子纵火、银号资金异常）公告天下，涉案人员（包括已死者）依法定罪，家产抄没。对于宫中太监及致仕老侍郎的嫌疑，则以“查无实据，但行为失检”为由，予以申饬，其相关亲属子弟在仕途上予以限制。同时，下令整顿宫中内库及京城银号行业。
这是一个妥协的结果，既没有彻底揭开盖子，也给予了对方足够的警告和打击。钱谦益一党声势再遭重创，许多原本依附者纷纷转向。朝堂风气为之一肃。
第二把火，则是关于海疆与新政的延续。
林晚力主，不能因皇帝更迭而中断既定国策。在她的协调下，辅政班子批准了水师新的造舰计划（规模有所控制），并正式向荷兰东印度公司发出外交照会，申明新朝继承先帝遗志，维护海疆主权与贸易规则的决心，要求其停止一切敌对行动，否则将面临更严厉的反击。同时，继续推进与葡萄牙、西班牙的接触，尝试建立更稳定的贸易关系。
对于北方工赈和技术革新引发的社会问题，林晚提出了更系统的《匠户安置与产业升级疏》，建议将临时性的“工赈”逐步转为常态化的“公共工程建设”与“职业技能培训”体系，并与地方产业规划相结合。这份奏疏经过讨论修改后，以辅政衙门名义下发试行。
林晚的“顾问”工作忙碌而充实，她谨慎地把握着分寸，多数时候只提建议，由具体部门去执行，避免直接揽权。但她的意见往往切中要害，且有着右相、林崇山乃至军中（通过诺苏、刘振）的隐形支持，故而分量极重。
然而，平静的水面下，暗涌从未停止。
左相对林晚的影响力日益增大感到不安，他开始暗中与一些对林晚不满的官员（主要是新政中利益受损或观念抵触者）接触。那位宗室郡王则对林晚一介女流“参赞机务”始终心存芥蒂。太后在最初的依赖过后，身边又渐渐围拢了一些新的宦官和女官，他们对于林晚这种“外臣”（虽然是女子）深度影响内廷决策，也颇有微词，不时在太后耳边吹风。
更让林晚忧心的是新帝的教育问题。小皇帝赵佑樘养在深宫，由太后和宦官宫女照料。按照祖制，皇帝六岁才正式出阁读书。但现在皇帝才三岁，正是性格和认知形成的关键时期。林晚深知“生于深宫之中，长于妇人之手”的弊端，很担心小皇帝被养成一个懦弱无知或骄纵任性的君主。她多次向太后和辅政班子建议，应尽早为皇帝选择品行端正、学识渊博的保姆和启蒙师傅，并让皇帝有适当机会接触宫外世界（哪怕只是在皇家园囿），但建议大多被以太年幼、祖宗成例等理由搁置。
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