战争规模的不断扩大，各种新战术的层出不穷，敌我友各军各部之间错综复杂的关系，让李守汉感觉。南粤军现有的武器和指挥系统都不足以面对现在的战争形势。
对付在山东、直隶等处各地千里流窜的阿巴泰尚且有些吃力，那么日后倘若与更加擅长流动作战的李自成张献忠等人军队遇到，又当如何？
所以，李守汉打算将现在的营务处、兵司等军事机构进行一番升级整理。
在他的心中，南粤军上述军事机构的改革，应该是分为作战的司令部门和军令，军训，军需军械等部门为好。
他满眼都是满意的笑意，原本打算如何将这个军制改革的事情同军中将领协调，毕竟这是触及军队利益和习惯的一件事。如果做不好。只怕损失的不仅仅是战斗力。可是如今这个做法不用他去费心想了。
施琅的这一通明着是保护军中各将领，暗着指责李守汉，实际上是帮助他给南粤军各部将领做了一番思想工作的长篇大论。着实令李守汉省了不少心。
“施琅，你不要放肆！主公面前，岂容得你如此张狂！？”瞠目结舌的听施琅说完这些话，好半晌，莫钰才反应过来，不能让李守汉先对施琅做出处理来，那样的话，施琅只怕会死得很难看！
“来人！”莫钰乔模乔样的大声吼道，“将这个在主公面前肆意妄为的小子拿下。押到后堂，听候主公发落！”
几个亲兵也是极为明白莫钰大人的意思。只管冲到施琅面前，大声吆喝着。准备将施琅押到后堂去，但是，却是吆喝的声音大，步子迈得小。
“你们也慢动手，待本公把本公的一番筹划说完，然后看这个小子该如何！”李守汉心中不住的冷笑，既然是飙戏时间到了，那就看谁的演技好到可以捧起小金人了！
有人递给李守汉一叠纸，李守汉却也是看也不肯看，只管递给莫钰，“莫老二，你来念给大家听听！也让这个小子看看，他的老泰山是不是老糊涂了！”
莫钰有些惶惑的接过了那份文书，“《军制变革纪要》？”原来主公早已有了成竹在胸，只不过没有发布出来罢了！若不是今日为了给大家洗刷罪名，施琅跳出来指责主公，只怕主公一时半会儿也不会将这份文件拿出来！
全体在场将领雅雀无声的听着莫钰大事朗读着这份文件。
“。。。。。。各镇之下设司令处。该处内设总参谋官一员，赞佐号令，参画机宜，一等参谋官二员，二等参谋官二员，随同总参谋官分任计画各务，炮队协领官一员，参佐全军炮队事务，遇炮队聚战之时，由该员指挥督率，工程队参领官一员，参佐全军工程事务，遇工队聚用时，由该员指挥督率。此外设护军官、执事官、一等书记官、总执法官、总军需官、总军械官、总军医官、总马医官、书记长、稽查官各若干员。”
“幕府设立军政司、军令司、军学司等部，其中，军政司之设，其司设立，凡军队调动作战，皆以该司发布为准，若有违反者，皆以谋逆论处。”
军政司下属：
考功科——掌管新练军营文武员弁升隆、调补、差委、定俸、核奖、纪勋、拟赏银两、功牌暨各项册籍等事。
搜讨科——统辖所属各股掌管各省官兵总数暨军训、典礼、征募等事。
制度股——分管编拟军制，考订军规、军仪、军礼、军服，遇有军事筹计应增官弁所需战备各件，核定名色数目，移知军需拨发，并行军应行雇凭民间车马房屋等事。凡学堂与本司关涉事件，亦归本股经理。
步队股——分管各省军队步队数目暨关涉步队一切事务，并会议事件遇有战备筹计征募步队数目，事后分别遣散归入续备，兼管军乐队事务。
炮队股——分管各省炮队数目暨关涉会议征募分遣等事。
马队股——分管各省马队数目暨关涉会议，征募分遣等事，平时考查马匹，临事筹计挑选，或租赁民马，核定喂养卫生各法，兼管辎重队事务。
工队股——分管各省工队数目暨关涉会议征募分遣等事。
粮饷科——统辖所属各股，掌管会计出入，筹备军饷、军需、建造等事。
支发股——分管核放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复核各饷局报销兼管会计学堂等事。
军需股——分管筹备粮草暨核发官兵服用衣履各项杂件。
建造股——分管各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，核发营队应用帐篷暨杂项器具等事。
医务科——掌管拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。
军法科——掌管拟定军律，考查各军执法处审办案件并军狱办法，记过注册等事。
器械科——掌管考查得处制造局筹备军械等事。
军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
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