辗转了几次之后，他跟随一艘商船来到了日本的长崎港，然后把自己伪装成了传教士，开始在日本活动，一刻不停地寻找发财的机会。
虽然他起初是想要自己学习日语，不过很快他就发现日语是他学过的最难的一门语言，在假名之外还混杂有大量从大陆传来的汉字，根本让人无处着手，于是不得不放弃了这个想法，转而和当地的天主教徒混迹在了一起。
好在经过西班牙和葡萄牙传教士多年的传教，日本在北九州和长崎等地区已经有了大量的天主教徒，还有不少人学会了西班牙语和拉丁语，因此路易倒也没有碰到什么障碍，很快就同当地的天主教徒圈子打成了一片，也初步建立了个人在当地的声望。
为了自己的发财梦想，和当时的大多数传教士一样，路易也用自己的医学知识在当地看了几次病，误打误撞地也治好了几个人，其中还有当地的商人，因而也得到了商人的感激。利用自己己建立的影响力，路易鼓动那位商人参与到了海贸当中，让商人挣了一大笔钱，然后自己也从中收取了不少好处。
这个传教士，这个冒险家，到今年已经快四十岁了，不过因为多年在外饱经风霜的缘故，所以看起来更加苍老一些，金色的长头发有些已经开始发白，额头上也出现了几丝皱纹，看上去简直跟个五十岁的人没有多大的差别，不过他那灵敏锐利、充满了勃勃野心的眼神，倒不会让人怀疑他已经老迈昏聩。
他的额头比较宽，脸色苍白，而且总是穿着一身黑色的大衣，再配上严肃的表情，虔诚而且庄重，而且因为受到了当地人的敬重和挣到了一笔钱，所以他的神情变得愈发庄重了起来，整个人都似乎可以被当做传教士的范本。
然而，正当路易以为这一次他的梦想终于能够实现时，仿佛是上帝有意要阻碍他一样，新的灾祸又不期而至了。
此时的日本，正从纷乱厮杀的战国时代过渡到了相对稳定的德川幕府时代，国内的军阀混战慢慢走向了尾声，尤其是在1615年，日本征夷大将军德川家康攻破了大阪城，杀光了之前的统治者丰臣家族之后，德川幕府在日本的统治已经逐步稳固。
在用刀剑建立了对日本的直接统治之后，德川家族开始寻求在其他方面稳固自己的统治，而思想统治作为重要环节，当然没有逃过德川幕府的掌控。为了巩固思想统治，德川家康有意扶持佛教，并且排斥天主教在日本的传播。
同时，虽然日本已经进入了相对和平的时代，但是各地领主对农民的压迫和榨取却还是和过去一样，不堪压迫的日本农民纷纷起来反抗，同时将外来的天主教作为了自己的精神寄托，在当时的日本，天主教徒们发动的起义（一揆）时有发生。
幕府当然不会坐视不理，同时他们也不认为是自己的压迫引起了农民的反抗，反而认为是天主教败坏了人心，于是决定在日本国内禁绝天主教的传播。
在一六一二年，日本幕府在幕府自己的直辖地首先颁布禁教令，禁止西洋传教士传教，第二年便把这一法令推行到全国，到了1616年，日本幕府更加把这种禁令扩展到了对外贸易上，规定欧洲船只只能在平户、长崎两港停泊交易。
作为天主教士的一员，路易当然也被幕府当做了危险分子，当地的官员直接召见了他，命令他不得在日本传教，如果胆敢违反的话就会有性命之忧。
本来就对传教不甚关心的路易，当然很轻松地就答应了这个命令，但是日本幕府限制海外贸易的政策却让他痛苦不已。在幕府的刀剑的逼迫下，他不得不停止了自己在日本各地的活动，回到了长崎港当中，打算在那里重新延续自己的事业。
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