第二层的推进速度要更加缓慢，显然帝国将实验室相当数量的兵力都放在了第二层进行防御。推进速度相较之前再次慢了下来。但是更重要的是，在第二层缓慢推进之时，负责小行星带防御的贝希摩斯通过指挥网络向杨毅报告发现帝国舰队跃入，虫群正在与帝国舰队交战。
贝希摩斯的落败只是时间问题，根据贝希摩斯的报告，帝国舰队至少有三支战列巡航舰编队抵达，单凭贝希摩斯根本无力拖延太长时间。奥塔里斯之傲在帝国舰队跃入后第一时间选择了后撤，远离战区。好在折跃网络本身不受距离影响，他们仍然能通过水晶塔提供的折跃网络来获得兵员和补给补充。
因此，在时间逐渐紧迫的情况下，杨毅要求突击部队加快脚步。现在目的已经达成一半，他们只要快速冲到实验室最核心的关押混合体的地方就行了。黑玫瑰迅速改变方案，带领部队直接依照示意图冲到二层和核心层的连接处，然后迅速让珊提拉和星灵部队下去清场，自己带着部队紧随其后抵达核心层。
贝希摩斯进行鏖战之时，突击队在枪林弹雨之中抵达了核心层。大概是得知帝国舰队已经抵达小行星带外，实验室守备部队的防御也愈发地坚决。目前尚不清楚还有多少帝国士兵还活着，至少从突入实验室到现在，已经至少有近二十名帝国士兵被明确判定为死亡在了这场突袭行动之中。杨毅一方则也有数十名士兵阵亡，包括有两个小队被直接打到失去战斗力退出战斗送回舰上。
A1给的情报里表示，她数据库里最新的信息显示这座位于卡斯塔纳星系的实验室有近百人的守备部队。但是从她为杨毅服役到现在已经过了相当长一段时间，实验室的守备部队现在如何他们没人知道，雷诺也没有给过任何详细信息，所以他们只能硬着头皮向前冲锋。
结果，他们在第一道防线就遭遇到了帝国守备部队的沉重打击，在一间大型机库里他们遭到了帝国守备部队的重型火力袭击，包括大口径机枪，反装甲武器和大型武装机器人的阻击，他们甚至遭到了一台攻城坦克的火炮打击。冲进机库的一个小队7个人只有一个落在后面的战斗医疗兵被炸飞回走廊内，幸存了下来，但是被炸到颅内出血，最后被判定死亡在行动后进行海葬。
黑玫瑰也无法突入进入机库。她的肉身还不至于让她能硬扛攻城坦克的穿冲火炮，大口径机枪和反装甲武器一起攻击。隔着墙壁她也没办法进行任何程度的有效引导。无奈之下，她不得不要求星灵部队进场支援。
起初黑玫瑰打算让狂热者上场，起到了一定的作用。三名狂热者在冲锋之中形成的短时灵能形态的确让他们躲过了猛烈的火力轰炸。但是他们本身缺乏足够的战斗能力，加之机库内地形宽阔，帝国守备部队站的也很开，这三位狂热者在被紧急传送回到奥塔里斯之傲上之前仅仅干掉了一台武装机器人。
不得已之下，黑玫瑰只能选择相信龙骑士的战斗能力。作为母巢之战时期活跃在战场上的星灵单位，龙骑士拥有着厚重的装甲和护盾，但是由于其体积过大，不适于实验室这样的狭窄室内环境作战，他们就只被分配了一台用以备用。没想到他们真的用上了这台龙骑士。
但是由于门太小，他们不得不让收割者用氘-4炸弹炸出一个足够大的缺口，然后龙骑士在敌人没有反应过来直接冲入机库，一批陆战队员和狂热者跟在其身后立刻冲进去进行分散。
这样做的伤亡很大，但是他们如果想要快速推进就不得不使用这个办法。结果是有近三个小队，包括一个负责支援的4人劫掠者小队均完全失去战斗力，才得以让珊提拉进场直接使用灵能风暴摧毁撕碎了那台极具威胁的攻城坦克。至此，人类部队的一整个中队都彻底失去战斗力，直接退场。
如此之大的伤亡，让黑玫瑰不得不重新考虑进攻策略。但是，舰桥内杨毅的催促声愈发急切，贝希摩斯能够承受的伤亡程度也愈发减小，他们必须尽快抵达混合体关押区才行。于是黑玫瑰不得已之下再次重整队伍。由于一路突进导致他们实际上与后方援军的联系断开，无法获得有效的人员和装备补给，黑玫瑰只能依靠自己和珊提拉的灵能力量作为主要突击力量。
但是她们的灵能力量虽然强大，却并非无敌的。此前夺取机库的那一战就足以证明。哪怕让珊提拉开着护盾冲进去，也没法在自己被传送回奥塔里斯之傲之前消灭掉足够的敌人。况且，她也不能在这个时候因为重伤被紧急传送走。而黑玫瑰的灵能力量还远不如珊提拉，更不可能做出有效突击，只能用人命去填。
在接下来走廊和房间里的近距离作战里，他们更是遭遇了前所未有的激烈抵抗，帝国的士兵，研究人员，甚至清洁工都拿起了武器誓死抵抗突击队的前进。尽管多数抵抗均被很快瓦解，但是这极大迟滞了突击队的进攻速度。
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