原来，崇祯皇帝在这道密旨里面，就直接开门见山地跟他说了。
主要内容就是说：皇帝是知道他郑芝龙在海上的实力，也知道他在干什么勾当。不过念在他并没有像北地晋商那样为祸大明，从某个方面上来说，他郑芝龙还维护了大明沿海的平安。因此，对于郑芝龙以前的那些事情，皇帝都不打算追究了。
但是，崇祯皇帝在密旨中警告郑芝龙，像这种要海船交钱挂郑家令旗的事情，就别指望着能一直干下去，这是朝廷律法不允许，也是他崇祯皇帝所不允许的。
水师是大明的水师，不是郑家的水师；大海是大明的大海，不是郑家的大海；这种事情，真要认真追究起来，就也是有谋逆的嫌疑！
崇祯皇帝在密旨中明确告诉郑芝龙，不久的将来，朝廷一定会关注海上。到时候，不止是福建水师一支，还会陆续重建登莱水师，苏浙水师，和广东水师；并且大明水师的目标，也不再只是巡哨沿海。海的尽头，也得有大明水师的旗帜！
而他郑芝龙唯一的出路，就是趁如今大明水师还在重建之初，给予朝廷最大的助力。唯有如此，方能论功行赏，封妻荫子，封侯赐爵也是可期的。
如今，为对付辽东建虏，登莱水师要尽快重建。因此，调他郑芝龙去加速重建，消灭建虏的水师，就是大功一件。而福建这边，也可以给他郑芝龙三年时间的缓冲。之后，就要逐步纳入朝廷水师的正规编制，而不再只是他郑芝龙的水师！
同时，崇祯皇帝也明确表示，他已经给了足够的耐心，希望郑芝龙不要执『迷』不悟。除非他是想造反，否则就不要错过这次机会。封他为登莱水师总兵官，立刻领水师北上，听从保定总督调遣，重建登莱水师，在对虏战事中发挥他该有的作用！
在密旨的最后，崇祯皇帝还表示很欣赏他儿子郑森，让郑森北上京师国子监就读，并为太子伴读。
郑芝龙看完这道圣旨，还是没有察觉自己已经汗如雨下。他明白，这道密旨其实是崇祯皇帝最后的通牒，要么服从调遣，要么就造反，只有这么两条路可选。
虽然是最后通牒，可从这份密旨中，他也感觉到了皇帝对他的苦口婆心，希望他能做出正确地选择。去挣一个封妻荫子，封侯赐爵；要不然的话，就只有刀兵相见。
与此同时，郑芝龙也很吃惊。因为崇祯皇帝在这份密旨中，直白地说了他的雄心壮志：海的尽头，也得有大明水师的旗帜！这样的愿望，是以前的皇帝从来没有过的。
作为在海上起家的大明人，自然知道在永乐年间，朝廷水师一次次下西洋的事情。皇帝一旦真得下了决心，以前的盛况，搞不好就真可能出现。当然了，前提是解决如今国内的麻烦。
郑芝龙不傻，可以说是相当精明，因此，他明白，不要看他如今有三千条各『色』船只。可是，如果他一旦选择真得造反，那么他手下还有没有三千条各『色』船只，就不好说了。另外，没有了陆地的支撑，他比起当年的汪直，其实也并没有多厉害。汪直最终的结果，就摆在那里。他郑芝龙的下场最终如何，他也不乐观。
至少就目前的郑芝龙来说，他还没有和朝廷翻脸的思想准备。
看着这份密旨，他又从头看了一遍，而后依旧沉默不语，在心中紧张地思考着。
边上的锦衣卫校尉们，看到他的这个神态，便猜出这密旨中说得事情，对他得压力很大。一时之间，他们都收了轻松的表情，一个个凝神戒备起来。就怕郑芝龙承受不住压力，干出不可预测的事情来。
过了好一会后，忽然，就见郑芝龙收了密旨。直到这时候，他才发觉自己汗如雨下，便抹了把汗，有点尴尬地笑着对锦衣卫总旗说道：“这个天，还真是太热了！”
见他这样，戒备着的锦衣卫校尉们都松了口气，其中锦衣卫总旗附和了一句道：“这种鬼天气，真是要热死人了！”
题外话说过之后，郑芝龙便正『色』对锦衣卫总旗说道：“请大人转奏皇上，末将一定遵旨行事。”
说完之后，他立刻去写奏章，准备让锦衣卫带回去。他的这个表态，更是让气氛轻松了不少。
“郑游击，既然没有问题，那你的公子就随我们一起回京师吧！”锦衣卫总旗笑着说道。
他临来之时，就只得到过这个交代。
郑芝龙听了，没有犹豫，点点头，让锦衣卫稍等，他去安排。
等他回到后院，早已等候在这里的郑鸿逵和郑芝豹立刻就围了上去问情况。甚至连他儿子郑森也在，只是没敢凑过去。
郑芝龙似乎有点心力交瘁的样子，把密旨给了他们自己去看。而他自己，则一下坐在太师椅上，端起茶壶就喝，一直喝了个底朝天之后才靠在椅背上，整个人似乎都没力气一般地靠着。
郑鸿逵第一个看完，非常吃惊地看着郑芝龙问道：“大哥，这怎么办？你该不会不会抗旨不遵吧？”
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