洪武元年，朱元璋收复广东，复称肇庆府，隶广东布政使司，辖领五县一州，为两广地区最为重要的军事重镇。
肇庆府城位于广东省中部偏西，东南为珠江三角洲，是广东和广西的交接要地。
在交通方面，肇庆府又是广东地方通向西南诸省的必经之处。
当年朱由校亲征西南，就曾调兵援剿，广东兵无一不过肇庆，可见其所处位置之重要。
肇庆府在唐代时就有设置，驿站发达，洪武元年朱元璋复设肇庆后，便为此地打通了水陆驿道。
其中有联系两广所最为重要的一条水路枢纽，便是自肇庆府城以东三十里外崧台驿出发，沿西江梧州府直达虎门。
两广地区，从明英宗复辟后开始出现管理混乱无序的情况，自英宗复辟后，两广地区军队哗变、百姓造反等事，屡见不鲜。
英宗复辟的第一年，官狱囚犯争而越狱，聚众千万，攻城掠地，势如破竹，官军剿之不尽，直到数年后才被平息。
但是囚犯暴动后仅仅一年不到，两广地区再起动乱。
时任广西总兵官的田真化因为广西动乱尚未平息，未经请示便撤军未由，擅杀了景泰派武将广西副总兵武毅，造成军队哗变，大掠广州。
这一现象，直到嘉靖年间才得到缓解。
明代起初以广西梧州为两广总督驻地，在嘉靖年间由抗倭名将俞大猷建议改到肇庆，并且渐为长制。
于肇庆府设置两广总督，既起到兼制广西，又联络广东的作用，此后，两广地区逐渐安定。
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