神武天皇娶比卖多多良伊须气余理比卖为后，生日子八井命、神八井耳命((日文)かむやいみみのみこと)、神沼河耳命((日文)カムヌナカワミミ，即为后来的绥靖天皇)。
根据《日本书纪》记载，神日本磐余彦天皇((日文)カムヤマトイワレビコ，即神武天皇)45岁时向诸皇兄及其子手研耳命表示自天祖降迹已一百七十九万二千四百七十余年，但东部犹未沾于王泽;加上盐土老翁曾曰东有美地青山，欲前往建立都城，遂兴起东征之念。
其年冬十月丁巳朔辛酉天皇亲自率军东征，至速吸之门有一乘艇而至的渔夫名曰珍彦，替天皇做前导开路，故赐名椎根津彦(乃倭直部始祖)。大军耗时半年途经筑紫国菟狭(今大分县宇佐市)，菟狭国造祖菟狭津彦((日文)ウサツヒコ)和菟狭津媛((日文)ウサツヒメ)立一柱腾宫并设宴款待。后者后来下嫁侍臣天种子命，而天种子命乃中臣氏之远祖。十一月抵筑紫国冈水门，十二月至安艺(今广岛县)，居于埃宫。乙卯年春三月徙入吉备国(今冈山县)，起高岛宫，全军养精蓄锐三年。接着大军继续向东，经浪速国、河内国草香邑青云白肩之津(今大阪府东部)后，于孔舍卫坂遭遇土豪长髓彦顽强抵抗，长兄五濑命遭流箭伤及肱胫。神武天皇意识到身为日神子孙，向太阳升起的东方征虏乃逆天道，遂令全军后退，并绕道纪伊(今和歌山县)前进。途中五濑命因箭伤身亡，葬于纪伊灶山。
全军自熊野渡海时突遇暴风雨，二兄稻饭命、三兄三毛入野命跃入海中，以求全军船舰平安。至熊野荒坂津登岸时，误杀平民百姓而遭天谴，全军因毒气动弹不得。幸亏武瓮雷神赐予韴灵剑，中毒士卒悉复苏醒。全军前往中洲时，在山中迷路，天照大神派遣八咫乌做向导，引领全军抵菟田县，并收大伴氏始祖日臣命、井光、磐排别之子、苞苴担之子等人为臣;接着斩兄滑、击八十枭帅于国见丘、降弟矶城、斩兄矶城等人。
后来神武天皇军与长髓彦军大战却无法取胜，战况陷入泥淖之际飞来一只金色灵鸱停于神武天皇之弓弭，其耀眼光芒令长髓彦军士卒迷眩无法再战。为报五濑命箭伤身亡之仇，神武天皇军队穷追不舍，长髓彦派人前来解释原委。原来其妹婿饶速日命乘天磐船自天降，为天神之子，而神武天皇亦自称天神之子，他不相信天神子有两个。
神武天皇则质疑饶速日命若为天神之子，应有代表物，于是长髓彦出示饶速日命佩带的天羽羽矢及步鞬。饶速日命清楚长髓彦仍对神武天皇怀有敌意，乃杀之，并率部众归顺神武天皇。最后神武天皇总算在大和定居下来，但四周仍有不肯降伏的土蜘蛛势力，经过六年的征讨始定。接着在亩傍山东南方兴建橿原宫，并纳事代主神与玉栉媛所生之女媛蹈鞴五十铃媛命((日文)为正妃，后尊为皇后，生皇子神八井命、神渟名川耳尊(后来即位为绥靖天皇)。
根据《古事记》与《日本书纪》(简称"记纪")记载，天照大神之孙琼琼杵尊下凡于九洲日向的高千穗山峰，与木花开耶姬生了火降芹命、火明命和彦火火出见尊。其中彦火火出见尊娶海神之女丰玉姬，生了鸬鹚草葺不合命，然后鸬鹚草葺不合命又与玉依姬命生了五濑命、稻冰命、御毛沼命、若御毛沼命，其中若御毛沼命即日后的神日本磐余彦。
圣德太子曾借道教辛酉年之说，编排了"皇纪"。推古九年正好是辛酉年，也是圣德太子在斑鸠宫推行改革的年份。辛酉年每60年出现一次，亦称一轮。按道皇居二重桥教的说法，每一轮辛酉年是发生变革之年。而第21轮的辛酉年则是发生彻底的大变革之年。于是，圣德太子以推古九年(601年)为起点再往上推第21轮的辛酉年为日本建国之年。规定该年的阴历一月一日为神武天皇登极之日(阳历为2月21日)。按照这种推算法，公元1990年是皇纪2649年。
人物生平
神武东征
根据记载，神武十五岁立为太子，并娶吾平津媛为妻。45岁时与诸皇兄、子商讨东征之事，该年(甲寅年)十月即横渡濑户内海，意图征服东土。历经半年的旅程，途中经筑紫、安艺、吉备等地，终于在河内国登岸。
这时大和国的土豪长髓彦因恐惧皇子入侵，遂于孔舍卫阪率兵迎战。激烈的战事中，神武天皇领悟到身为太阳神之后裔，不应朝向东边(太阳自东方升起)征讨，于是向后撤军，改经纪伊绕道进军。途中五濑命因前次战役中箭受伤，不久伤重身亡。之后在海上遇到暴风雨，他的兄长稻饭命和御毛沼命以身殉海以求平安，仅剩神武天皇与其子手研耳命继续率军前进。最后在熊野的荒阪津登陆，却因误杀邻近居民而遭神惩罚，全军中毒而不得前进，幸赖武瓮雷神赐韴灵剑始能行军。之后又在前往中洲的山中迷路，此时有八咫乌指引，方抵达目的地。
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