建立大和
再度进军大和的路途上，磐余彦依靠椎根津彦等重臣之力，先后收了大伴氏之祖日臣命等人为臣，并击破吉野首部之祖井光、八十枭帅、县主之祖兄矶城等势力。终于，在撤兵半年后，再度遭遇到长随彦。交战之初，磐余彦尊连战却无法取胜，可战到一半突然天色大变，随之于磐余彦尊弓上停着一金乌。由于金乌的光芒刺眼，长随彦军无法张眼迎战敌人，于是磐余彦尊军大胜。为报杀兄之仇，获胜的磐余彦尊军穷追猛打，不放过任何打击敌军的机会，因此逼的长随彦与磐余彦会面，并说出不投降的真相:原来其妹婿饶速日命也是天之孙，而天孙不该为两种，故其怀疑磐余彦尊的神性。
但和饶速日命见面之后，透过信物的交换，两人皆彼此认定对方为天神之孙，但饶速日命怪长随彦之凶残不改，将其杀死，并追随磐余彦。至此，磐余彦正式定居于大和。可此时大和四周仍由称为土蜘蛛的土着势力把持。经过六年的东征西讨，方平定各方势力，始建立起大和朝廷。
辛酉年正月，磐余彦尊即位于橿原宫，并因原妻吾平津媛留在日尚，又娶三lunda物主神之女媛蹈鞴五十铃媛命纳为妻，隔年对追随者一一论功行赏。即位第三十一年巡幸天下，第四十二年立皇太子，在位七十六年后驾[1]崩，隔年秋天葬于亩傍山东北陵(《古事记》说葬在亩傍山詹北白祷尾）
神武以后
神渟名川耳为神武天皇与在大和国之妻媛蹈鞴五十铃媛命纳所生之次子。在此之前，神武与其在日向国之妻吾平津媛已生有一子(《古事记》则说生有两子)，名为手研耳命(《古事记》作当艺志美美命)，并随其东征而来。神武死后，手研耳命娶其后母。也就是神渟名川耳的母亲媛蹈鞴五十铃媛命纳为妻，并意图透过此婚姻取得皇位。
弑兄夺位
为了确保获得皇位，手研耳命打算杀掉两位皇子。于是皇后媛蹈鞴五十铃媛命作歌曰:"狭井河上云涌扩散，亩傍山中木叶剧响，是于此时劲风将吹!亩傍山周乌云昼浮，至于夕时劲风将起，木叶是以沙沙作响!"提醒两位皇子躲过危险。
为了保命，绥靖天皇与其同母兄神八井耳命打算先下手强。他们先找人做好弓箭，然后利用手研耳命在独自躺在地窖大床上时两人进行暗杀计划;绥靖天皇推开地窖大门，神八井耳命拿举弓瞄准。可是神八井耳命却手脚颤抖，迟迟不敢射箭。绥靖天皇见其不妙，连忙撞开其兄，将弓箭一把夺过，随之连发两箭，分别击中手研耳命胸前胸后，使其当场死亡。
这时神八井耳命为其不敢射箭感到惭愧，便将皇位让给绥靖天皇，专心侍奉神明。
绥靖天皇在位第二年春立母亲之妹五十铃依媛为皇后，并生有一子(安宁天皇)，在位第四年其兄八井耳命去世。在位第25年立皇太子，在位第33年驾崩，享寿84岁。
人物评价
"神日本磐余彦尊"为和式的谥号，"神武"则是汉式的谥号，和谥为故有谥号，汉谥则为后世所追赠。至少《古事记》纂成之时，尚未出现汉风谥号。据《释日本纪》表示，神武帝以下古代天皇之谥号，为弘文天皇的曾孙淡海三船于天平宝字6年(762年)~天平宝字8年(764年，奈良时代后期)所追赠。此外，"若御毛沼命"之名带有五谷神的意义，而橿原乃至大和一带自古便是重要的谷仓，且此处关于磐余彦的传说也十分之多。很有可能这些故事混合在一起，便构成神武这传奇性的开国天皇。另一说由禅师中岩圆月提出，说是吴太伯或其后人。
另外，有人猜测神武天皇是秦朝时被秦始皇派遣寻找长生不老药的方士徐福。但这种猜测漏洞很大，神武天皇诞生是公元前711年，立国为公元前660年。而徐褔则是在公元前219年上书，前210年还未出海，神武天皇诞生以现时资料比较上比徐褔早了五百余年。即使去除阙史八代缺少事迹的天皇，之后继位的崇神天皇即位较徐福上书也晚了一百多年。
在考古研究中，又有提出神武即是崇神天皇的讹传。当然，如果不考究故事的可信度，我们可以将东征的故事看成大和政权由九州向东推至大和的过程缩影。明治之后，由于皇权大兴，对神武事迹的时间考证也逐渐热络:那柯通世提出以前660年为开国之年的说法，之后而衍伸出纪元节这种开国之日。此外，1889年日本政府在据说他建国地的奈良县橿原市重建橿原神宫。
亲属成员
父亲:彦波潋武卢兹草葺不合尊
母亲:玉依媛
大哥:五濑命
二哥:稻饭命
三哥:御毛诏命
妻子:吾平津媛
长子:手研耳命(吾平津媛所生)
妃子:媛蹈鞴五十铃媛
次子:日子八井命(媛蹈鞴五十铃媛所生)
三子:神八井耳命(媛蹈鞴五十铃媛所生)
四子:神渟名川耳尊(媛蹈鞴五十铃媛所生)
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