在叮咚流淌的小溪边，有一座特别的图书馆。它没有屋顶，没有墙壁，书架是溪边的大石头，书本是光滑的鹅卵石，每块石头上都藏着一个故事。图书馆的管理员是一只背着小布包的小青蛙，他的名字叫呱呱，因为他说话总是带着“呱呱”的尾音，像在给故事伴奏。
呱呱的皮肤是翠绿色的，背上有几颗星星形状的斑点，那是妈妈给他的“故事印记”，据说有了这个印记，就能听懂石头的语言。每天清晨，当第一缕阳光穿过树叶洒在溪水上，呱呱就会背着布包出门，踩着露水去检查他的鹅卵石书本——有的石头可能被溪水冲歪了，有的石头上的字迹可能被雨水打湿了，他要及时用松脂把故事重新“写”上去。
这些鹅卵石书本可神奇了。扁扁的石头上是长长的故事，圆圆的石头上是甜甜的故事，带着花纹的石头上是冒险故事，而最光滑的石头上，藏着只有在月光下才能看见的秘密故事。要想听故事，不用翻开书页，只要把鹅卵石放在耳边，轻轻哈一口气，石头就会“沙沙”地讲起来，像风吹过树叶的声音。
“今天要给石头们晒太阳啦，呱呱。”住在老柳树上的纺织娘奶奶说，她的声音像纺车转动一样轻柔，“昨天的暴雨把故事都打湿了，特别是那块讲彩虹的石头，我听见它夜里在偷偷哭呢。”
呱呱赶紧蹦到彩虹石旁边，果然，石头上的彩色纹路变得模糊了。他从布包里掏出松脂和羽毛笔，那是用天鹅的羽毛做的，笔尖蘸上松脂，就能在石头上写字。“别难过呀，彩虹石，”他一边修补一边说，“我把你的颜色重新描亮，比以前更好看，呱呱。”
彩虹石好像听懂了，表面慢慢变得光滑起来。这是一块椭圆形的鹅卵石，上面有红、橙、黄、绿、蓝、靛、紫七种颜色的纹路，讲的是雨后彩虹如何帮助迷路的小蚂蚁回家的故事。这是呱呱最喜欢的故事之一，每次听到小蚂蚁终于找到家的时候，他都会高兴地跳进溪水里打个滚。
正忙着，溪水下游传来“哗啦哗啦”的声音，一只背着贝壳书包的小乌龟慢吞吞地爬过来，脖子伸得长长的，东张西望。“请问……这里是能听故事的图书馆吗？”他的声音怯生生的，像怕惊扰了谁。
呱呱蹦到他面前：“是啊是啊，这里是鹅卵石图书馆，呱呱！你想听什么故事呀？冒险的、甜甜的还是勇敢的？”
小乌龟的眼睛亮了亮，又很快低下头：“我想听……让人不害怕的故事。我今天第一次离开家，要去河对岸找爷爷，可溪水太深，我不敢过，听说这里的故事能让人变勇敢。”他的贝壳书包上还沾着泥点，显然是爬了很远的路。
呱呱拉着他来到一块扁平的青石头旁：“这是‘勇敢的小鱼’故事石，你听听看，呱呱。”他帮小乌龟把石头放在耳边，又轻轻哈了口气。
石头“沙沙”地开始讲故事：小溪里有一条怕黑的小鱼，总是不敢游出浅水区，直到有一天，他的朋友小虾米掉进了深水区的漩涡里，小鱼鼓起勇气，在萤火虫的帮助下游进黑暗的深水区，终于把小虾米救了上来。从那以后，小鱼发现黑暗里不仅有害怕，还有会发光的萤火虫和会唱歌的夜虾。
故事讲完了，小乌龟的脖子伸得更长了：“小鱼后来还怕黑吗？”
“不怕啦，”呱呱指着溪水深处，“他现在每天晚上都带着萤火虫游来游去，帮迷路的小动物照路呢，呱呱。你看，勇敢不是不害怕，是害怕的时候还敢往前走。”他又找来一块带着波浪纹的石头，“这是‘过河的小乌龟’故事石，讲的是一只小乌龟如何找到过河的勇气，你肯定喜欢。”
小乌龟捧着故事石，认真地听起来。呱呱趁机去整理其他的石头：讲友谊的蒲公英石，讲坚持的蜗牛石，讲分享的松鼠石……每块石头都有自己的位置，按照故事的类型排列在溪边的石头架上，就像人类图书馆里的书架一样整齐。纺织娘奶奶说得对，故事需要被好好照顾，才能一直流传下去。
“我想明白了！”小乌龟突然说，把故事石小心地放回原位，“小鱼能勇敢地救朋友，我也能勇敢地过河！我可以沿着溪边找浅水区，或者找一根浮木当小船。”他从贝壳书包里掏出一颗光滑的雨花石，“这个送给图书馆，是我在河边捡的，上面有星星的花纹，也许能用来讲星星的故事。”
呱呱高兴地接过雨花石：“太棒啦！这是新的故事石，我们可以一起编一个星星帮助小乌龟过河的故事，呱呱！”他送小乌龟到溪水边，指着不远处的浅滩：“从那里过河最安全，水只到你的壳边，我在岸边陪着你，要是害怕就喊我，我给你讲一半的故事，等你过来再讲另一半。”
小乌龟点点头，小心翼翼地走进溪水里。呱呱在岸边蹦来蹦去，大声讲着故事：“从前有一颗小星星，它觉得自己不够亮，总是躲在云朵后面……”小乌龟一边听故事，一边往前爬，不知不觉就到了河对岸。他转过身，对着呱呱挥挥爪子：“谢谢你！等我从爷爷家回来，就把过河的故事讲给你听，让你刻在新石头上！”
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