送走小乌龟，呱呱继续整理图书馆。他发现一块讲月亮的故事石不见了，那是一块带着银色光泽的石头，讲的是月亮如何跟着夜行的小动物回家的故事。“肯定是被调皮的小松鼠搬走了，呱呱。”呱呱无奈地摇摇头，小松鼠总喜欢把亮晶晶的石头搬回树洞里当玩具。
他沿着溪边往松鼠家的方向跳，嘴里哼着找石头的儿歌：“石头石头亮晶晶，藏在草丛不吭声，故事等着小朋友，快出来呀行不行……”没走多远，就听见树洞里传来“呜呜”的哭声，像小石子落在空罐子里。
呱呱扒着树洞往里看，小松鼠正抱着月亮石哭呢，眼泪把石头都打湿了。“怎么了呀，小松鼠？”呱呱轻声问。
小松鼠委屈地说：“我想把月亮石搬回家当夜灯，可它不亮，还总是‘沙沙’地哭，说想念图书馆的朋友们。我不是故意偷石头的，我只是晚上一个人睡觉害怕，想要月亮陪着我。”
呱呱跳进树洞，摸了摸月亮石：“月亮石的光是故事变的，离开图书馆的故事家族，它就不亮了。不过你别难过，我们可以在你的树洞旁建一个‘故事角’，把月亮石和其他的星星石放在那里，晚上你既能听故事，又能让石头们团聚，呱呱。”
小松鼠立刻不哭了：“真的吗？我可以帮忙搬石头！我还能找松针当垫子，让故事角更舒服。”他赶紧把月亮石抱出来，又从树洞里掏出自己藏的坚果：“这些送给图书馆，作为我借石头的礼物。”
他们一起在松鼠树洞旁的大石头上布置故事角，放上月亮石、星星石，还有一块讲萤火虫的故事石。呱呱教小松鼠怎么听故事：“要轻轻摸石头，对它说‘请讲故事吧’，它就会告诉你月亮和星星的秘密，呱呱。”小松鼠试着听了听，果然，月亮石开始“沙沙”地讲故事，小松鼠的眼睛瞪得圆圆的，再也不害怕了。
傍晚的时候，鹅卵石图书馆变得热闹起来。放学的小兔子们来听睡前故事，她们最喜欢讲花朵的故事石，每次听完都要在石头旁放上一朵新鲜的小花；晚归的小刺猬来听冒险故事，他说听完故事就有勇气穿过黑漆漆的草丛回家；连忙碌了一天的蜜蜂们，也会飞来听一会儿讲蜂蜜的故事石，放松一下翅膀。
呱呱坐在最大的故事石上，看着大家认真听故事的样子，心里甜甜的。他的布包里装着今天收集的新故事素材：一片带着露珠的枫叶，一颗被小鸟啄过的浆果，一根闪闪发光的羽毛，这些都能变成明天故事石上的新内容。纺织娘奶奶说得对，故事不是凭空来的，是从森林的每个角落收集来的——风吹过的声音，花开的样子，小动物们的经历，都能变成好听的故事。
“呱呱，今天有新故事吗？”小刺猬问，他的背上还背着没吃完的野果。
呱呱从布包里掏出一块新捡的石头，上面还没有刻故事：“有呀！今天要讲‘勇敢的小乌龟过河’的故事，呱呱。大家谁愿意帮忙一起编？小乌龟说他回来后会讲更多细节，但我们可以先编开头。”
小兔子说：“小乌龟的壳上可以画地图，这样就不会迷路了。”小松鼠说：“可以有小鱼帮他指路，告诉他哪里水浅。”蜜蜂说：“要加一点蜂蜜的甜味，让故事更温暖。”大家你一言我一语，一个新的故事就在石头上慢慢成形了。
天黑了，萤火虫们提着灯笼飞来，给故事石们照亮。呱呱开始给每块石头盖上树叶“被子”，防止露水打湿故事。他轻声对石头们说晚安：“今天辛苦啦，明天见，呱呱。”石头们好像在回应他，表面反射着萤火虫的光，像在眨眼睛。
回到自己的荷叶小屋，呱呱还在回想今天的故事。他把小乌龟的故事、小松鼠的故事都记在心里，准备明天刻在新的石头上。他的布包里还有一块特别的石头，是妈妈留给她的“空白故事石”，妈妈说，这块石头要等他找到最珍贵的故事才能刻，而现在，他好像慢慢找到了——最珍贵的故事不是冒险，不是魔法，而是朋友们互相帮助、彼此温暖的点点滴滴。
第二天清晨，呱呱在溪边发现了一个惊喜：小乌龟回来了！他的贝壳书包里装满了河对岸的故事，还有爷爷给他的“勇气贝壳”，据说能给故事石增加勇气的力量。“我过河的时候一点也不害怕，”小乌龟骄傲地说，“我想起小鱼的故事，就找了一根浮木当小船，还遇到了好心的水鸟哥哥，他帮我指了路。”
呱呱高兴地把小乌龟的故事刻在空白故事石上，用勇气贝壳的粉末做颜料，让故事石闪闪发亮。他把新故事石放在图书馆最显眼的位置，旁边放上小乌龟带来的河对岸的鹅卵石，告诉大家：“故事就像溪水一样，会流到很远的地方，也会从很远的地方流回来，把不同的温暖和勇气带到我们身边，呱呱。”
越来越多的小动物知道了鹅卵石图书馆，他们不仅来听故事，还带来自己的故事和石头：小蚂蚁带来了搬运食物的故事，刻在小小的沙砾石上；小鹿带来了森林深处的秘密故事，刻在带着花纹的玛瑙石上；连平时最害羞的刺猬妈妈，也带来了养育宝宝的故事，刻在一块温柔的粉石头上。
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