承泰二年初春，当朝廷的注意力仍被海疆风波牵动时，江南那片富庶却暗流汹涌的土地，终于爆发出酝酿已久的惊雷。
最先传来的消息是零碎而混乱的：湖州府德清县，因追缴历年清丈中隐匿田亩的罚银及试行新法后的赋税尾款，县衙差役与当地以沈姓为首的几家乡绅发生冲突，差役被乡勇打伤。此事迅速发酵，沈家联合周边数家乡绅，以“官府横征暴敛，迫害良善”为名，煽动部分不明真相的佃户和市井之徒，聚众数千，冲击县衙，知县仓皇逃出，县衙被占，粮仓被抢。
这仿佛是一个信号。短短数日间，湖州、杭州、乃至更远的绍兴府，接连爆出类似事件。参与其中的，不仅有对清丈和新法怀恨在心的中小地主，还有部分因胥吏执行不公而受损的自耕农，更有被“官府要夺田充公、加赋逼死人”等谣言煽动起来的惶惑百姓。乱象如野火般蔓延，很快不再是简单的抗税骚乱，而是演变成有组织、有口号的公开叛乱。
叛军打出了“驱除酷吏，复我祖制，田归原主”的旗号，其檄文直指朝廷新政“倒行逆施，苛政猛于虎”，更将矛头对准了远在望安的林晚和朝中的“新政派”，称他们是“蛊惑先帝与今上，残害江南士民”的祸首。叛军迅速攻占了几座防御薄弱的县城，开仓放粮（实则是抢掠），裹挟更多流民，声势一时极盛，号称“十万”（实际能战者约万余），震动东南。
急报如雪片般飞入京城，朝堂大哗。
这一次，连一贯主和、担心内耗的官员也无法坐视了。江南乃朝廷财赋根本，漕运命脉，岂容有失？朝堂上迅速形成了必须武力平叛的共识。但在由谁挂帅、如何平叛、以及平叛后如何治理等关键问题上，分歧立刻显现。
兵部推荐了几位老成持重的将领，多为勋贵或旧军出身。但钱谦益等人却提出异议，认为江南水系纵横，城池众多，非熟悉地形、了解民情者不能胜任，隐隐暗示应启用与江南士林有渊源、或至少不激化矛盾的文臣督师。
而更深的潜流在于，如何定性此次叛乱？是单纯的民变，还是士绅鼓动的叛乱？平叛之后，是严厉清算，还是安抚为主？这直接关系到未来江南政策的走向，以及朝中各派力量的消长。
赵承嗣面对这突如其来的内乱，既惊且怒。他深知此事若处理不当，不仅江南糜烂，新政根基可能被动摇，自己本就未稳的皇权也将面临严峻挑战。他一面急令周边省份调兵入浙，一面召集重臣连夜商议。
御书房内，灯火通明。赵承嗣面色铁青，看着争吵不休的众臣，心中烦乱。他不由自主地又想到了林晚。江南是林晚当年倾注心血推行新政的地方，也是矛盾积累最深之处。此时此刻，她的见解至关重要。
他借口更衣，回到内室，快速写了一封短信，命绝对心腹侍卫以最快速度送往望安。信中只有寥寥数语：“江南乱起，势急。朝议纷纭，剿抚难定。叛乱根源何在？当何以平，何以治？望先生速示方略。”
三日后，当信使还在快马加鞭的路上时，林晚仿佛预感到一般，已经写就了一封长信，正待发出。接到皇帝密信，她立刻将两信合并，附上自己的分析与建议，交予信使带回。
在信中，林晚没有客套，直指核心：
“陛下，江南之乱，非一日之寒。其根源有三：一为清丈与新法触动士绅根本利益，积怨已深；二为地方胥吏执行中多有偏差不公，授人以柄；三为朝廷在江南之新政宣传、民心争取工作严重不足，致使百姓易被谣言煽惑。”
“故平叛之策，须剿抚并用，刚柔相济，且目标明确。”
“军事上，必须快、必须狠。 叛军初起，乌合之众，立足未稳，宜以精锐迅疾扑灭，避免其坐大或流窜。主将人选，需果敢善战，更需能领会朝廷意图，不受地方人情羁绊。可考虑启用与江南瓜葛较少、且通晓水陆战法之将领，如原北伐将领、现任湖广总兵周镇。给予其临机专断之权，调集周边精兵，形成泰山压顶之势，力求速战速决，一战定乾坤。”
“政治上，必须分、必须明。 发布《告江南士民书》，以陛下名义，明辨是非。第一，阐明清丈新法本意为均平赋税、抑制兼并、惠及贫弱，列举具体实例（如某地佃户因租额限制得以温饱）。第二，承认地方执行中确有官吏贪腐、执法不公现象，朝廷已派员严查，定将害群之马绳之以法。第三，明确区分：只严惩叛乱为首及骨干分子，特别是煽动叛乱、对抗朝廷的士绅首领；对被裹挟之普通百姓、乃至部分不明真相被迫从逆之中小地主，只要放下武器，一概不究，并承诺妥善安置。第四，宣布平叛后，朝廷将派大员巡视江南，重审清丈与税收案卷，纠正错漏，并加大水利、学堂等惠民工程投入。”
“善后上，必须准、必须稳。 平叛后，对参与叛乱的士绅，其田产抄没，部分可分给无地佃户及平叛有功者。但需注意，不可扩大化，以免逼反更多观望者。对江南官场，需进行一次较大整顿，汰换昏庸贪腐之辈，选拔干练且理解新政之官员（可从寒门或外省调入）。同时，必须加强教化，选派得力官员和书院学子，深入乡里，宣讲新政真义，戳破谣言，重新争取民心。”
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