太湖的硝烟渐渐散去，但江南上空的政治阴云却更加厚重。叛乱虽平，留下的创伤、暴露的问题、以及亟待解决的隐患，堆积如山。
沈柏舟等一干叛首被槛送京师，经三法司会审，证据确凿，其勾结外夷（虽未最终达成，但有意图和接触）、武装对抗朝廷、煽动叛乱等罪名成立，依律判处极刑，抄没家产。赵承嗣核准，命于闹市公开处决，以儆效尤。行刑当日，观者如堵，江南士绅闻之，无不股栗。
然而，赵承嗣谨记林晚“不可扩大化”的提醒，对大多数登记投诚的叛军士卒及胁从者，履行承诺，不予追究，并发放少量钱粮遣散回乡。对部分罪行轻微、且平叛中有所贡献的叛军小头目，甚至予以赦免。此举在一定程度上安抚了底层，避免了更大的社会动荡。
真正棘手的是江南官场的整顿与新政的重新推行。叛乱暴露了江南吏治的严重问题：胥吏贪腐、执行偏差、官绅勾结、信息闭塞。赵承嗣采纳林晚和右相的建议，派出以都察院副都御史为首、由吏部、户部、刑部干员组成的“江南巡察使团”，赋予其极大权力，巡视各府州县。
巡察使团的首要任务，是重新审核清丈与新法试行以来的所有案卷，纠错平冤。他们设立“申告箱”，允许百姓匿名投书；公开接访，听取士绅和百姓意见；甚至微服私访，查证实情。一时间，江南官场风声鹤唳，许多往日作威作福、欺上瞒下的胥吏和庸官被揪出，或被罢黜，或被法办。同时，一批在平叛和前期新政中表现尚可、或背景相对清白的官员得到留用或提拔。
更重要的是，朝廷借此机会，向江南空降了大量官员。这些官员多出身寒门，通过新科举或实务考核晋升，相对年轻，对新政抱有热情，与江南本地士绅瓜葛较少。他们的到来，如同新鲜的血液，注入江南这潭略显淤滞的死水。
但阻力无处不在。旧有士绅势力虽遭重创，但百足之虫死而不僵。他们不敢再公开对抗，却转而采用更加隐蔽的手段：在经济上抵制与新政官员合作，在舆论上散布“北官南来，不谙民情，必生乱子”的流言，甚至利用宗族关系，暗中刁难那些配合新政的本地小地主或商人。
新政的重新推行，也变得更加审慎。朝廷宣布，在彻底厘清旧账、整顿吏治之前，江南清丈追缴暂停，新法试行也暂不扩大范围，但已试行地区政策不变。同时，加大水利修缮（太湖治理被提上日程）、官学扩建、平价粮仓建设等惠民工程的投入，试图以实实在在的利益，重新争取民心。
就在朝廷全力梳理江南乱局时，那个被俘的“佛朗机商人代表”的处理，引发了朝堂新的争论。此人名叫费尔南多，是葡萄牙裔，但受雇于一个背景复杂的澳门商会。他坚称自己只是普通商人，武器是“用于自卫”，与叛军接触是“探讨贸易可能”，否认有任何官方背景或政治意图。
兵部和部分强硬派官员主张将其作为“间谍”或“干涉内政者”严惩，甚至以此为由向葡萄牙施压，索取赔款或贸易特权。礼部及部分负责海贸的官员则担心过度强硬会严重影响与葡萄牙乃至其他欧洲国家的贸易关系，主张罚款后驱逐了事。
赵承嗣再次询问林晚意见。林晚回信指出：“此人乃小卒，杀之无益，反予人口实。然轻易放之，又显我朝软弱。可令有司依律审讯，坐实其‘非法携带武器入境’、‘与叛军接触’之罪，处以重罚（罚没其船货价值之大半），公开判决，然后驱逐出境，永久禁止其再来华贸易。同时，以此案为例，正式修订《市舶司条例》，明文规定严禁番商夹带任何武器、与地方非法武装接触，违者重罚。此举既维护律法尊严，又不至于彻底撕破脸皮，且为日后管理立下规矩。”
赵承嗣依计而行。费尔南多被重罚后驱逐，新修订的条例也迅速颁布。葡萄牙方面反应微妙，提出了抗议，但并未采取过激行动，似乎也在观察。此事暂时告一段落，但朝廷与海外势力之间的猜忌与防范，无疑加深了一层。
江南的余波渐渐平息，但另一场风暴的征兆，却在不经意间悄然显现。
这一日，赵承嗣批阅奏章至深夜，忽感一阵熟悉的眩晕袭来，眼前发黑，胸口烦恶。他勉强扶住御案，没有倒下，但冷汗瞬间湿透内衣。太医匆匆赶来诊视，面色凝重，说是“忧思过度，劳累伤神，肝郁脾虚，旧恙复发”，须绝对静养，不可再如此殚精竭虑。
赵承嗣心中一片冰凉。他才二十岁，登基不过两年，内忧外患接踵而至，如今竟也像先帝一样，被这病痛缠上了吗？他想起父皇临终前的憔悴与嘱托，想起林晚信中一再提醒的“善加珍摄”，心中涌起巨大的恐慌与无力感。
他知道，自己不能倒下。江南未稳，海疆多事，朝堂纷争，新政维艰……无数双眼睛在看着他，无数责任压在他肩上。
他强迫自己平静下来，听从太医建议，暂时将部分政务委托给左右相，每日只处理最紧要的几件事。同时，他提笔给林晚写信，除了通报江南近况，也隐晦地提及了自己的身体状况，字里行间，透露出深深的疲惫与对未来的担忧。
林晚在望安接到信，看着那熟悉的、却力透纸背仿佛承载着千斤重担的字迹，沉默良久。她走到院中，望着北方阴沉的天空。
皇帝的病，像一片不祥的乌云，再次笼罩在帝国上空。而这一次，乌云之下，是比先帝时期更为年轻、也或许更为脆弱的树干。
她能做的，唯有在信中更加细致地分析时局，提供策略，同时反复叮嘱保重身体，并开始更加认真地思考，如何为这个帝国，培养和储备更多可靠的人才，以应对可能到来的、更加严峻的考验。
余波涤荡，暗礁隐现。帝国的航船，在年轻而病弱的舵手驾驭下，将继续驶向未知的、风雨飘摇的深水区。
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