盛大的凯旋仪式和哀悼活动之后，方舟据点并没有立刻沉浸于胜利的余韵，而是迅速转入了一种更加繁忙、更加细致的战后秩序重建期。一场大战带来的不只是胜利的荣耀，还有堆积如山的战利品，数十名需要处理的俘虏，以及三十多个身心俱疲、亟待救助的被解救幸存者。如何处置这些“战果”，考验的不再是刀剑，而是管理者的智慧和手腕。
林澈做的第一件事，就是成立专门的战后处置小组。小组由铁岩（熟悉外部事务和俘虏背景）、赵大山（精通物资和人力调配）、王娟（负责医疗和心理评估）以及两名从老队员中挑选出的、以公正和细心着称的队员组成。小组直接对林澈负责，任务明确：甄别俘虏、分配劳役、登记并初步分配战利品、协调救治被解救者。
处理俘虏是首要难题。那四十多名被判定为“可劳改”的俘虏，被统一剃光了头发（便于识别），换上统一的、粗糙的劳役服，脖子上挂着标明编号的木牌。他们被分成数队，在武装看守的严密监视下，从事最危险、最繁重的工作：清理水上废墟战场（打捞尸体、焚烧垃圾、拆除危险建筑）、在据点外围挖掘新的防御壕沟和陷阱、搬运沉重的建材和战利品。劳动强度极大，食物配给仅能维持基本生存，但至少保住了性命。林澈明确告知他们，这是赎罪，也是观察期。表现良好、真心悔过者，未来或许有机会获得“预备成员”身份，从事更正常的工作；偷奸耍滑、图谋不轨者，下场只有处决。
那七八个“观察期”的俘虏，则被安排到码头、仓库等相对开放但有人时刻盯着的区域，从事清洁、搬运等辅助工作，并接受初步的规矩教育和思想灌输。他们的表现被详细记录。
血腥的公审和严格的劳役制度，既震慑了潜在的敌对者，也让内部成员看到了规矩的严肃性，更向外界传递了一个明确信号：方舟有力量惩罚罪恶，也有规矩容纳悔改。
战利品的处理则复杂而细致。所有缴获物资在码头旁的临时仓库区堆积如山，由赵大山带着几个识文断字、手脚干净的队员，在众目睽睽下逐一清点、分类、登记造册。粮食、燃料、工具、金属原料、布匹……分门别类，数量、品质、大致价值都记录在案。
船只的分配最为敏感。林澈没有吃独食。经过评估，方舟留下了那艘半沉货轮（代号“磐石”前哨，需大力修复）、两艘性能最好的改装快艇、以及五艘相对完好的中型渔船，用于扩充自身舰队和渔业。其余十余艘大小船只，则作为“感谢”和“巩固同盟”，进行了分配。
河岸镇反对派“沉底石”获得了三艘较好的渔船和一艘小型货船，帮助他们恢复生产和运输能力。下游那七个参与行动的小聚落，根据贡献大小，分别得到了一到两艘船只。当这些船只被涂上各家的标记，在盟友代表们激动不已的目光中被开走时，同盟的关系被实实在在的利益捆绑得更加紧密。
技术资料，尤其是“蛟爷”张潜的笔记本和图纸，被第一时间送入了技术区的机密档案室。李爱国如同得到了稀世珍宝，带着阿木和几个核心弟子，几乎住在了里面。笔记本中关于水文、结构、水动力应用的记录，以及那些构思巧妙的防御和陷阱设计图，让他们大开眼界。这绝非简单的匪首手记，而是一个专业工程师在极端环境下的实践与思考结晶，其价值在某些方面甚至超过了一些系统蓝图提供的理论。
除了这些“硬”处置，还有更重要的“软”吸纳——那三十多名从水鬼浮筏监狱中解救出来的幸存者。
他们的状况比预想的更糟。长期的虐待、营养不良和绝望，让他们大多形销骨立，眼神空洞，身上布满新旧伤痕和溃烂的疮口，许多人还患有严重的呼吸道疾病和寄生虫感染。心理创伤更是深重，不少人夜间惊悸，畏惧男性，甚至无法正常交流。
王娟的医疗队面临了最严峻的挑战。她们腾出了最好的几间通风干燥的屋子作为临时病房，拿出了库存中相当一部分珍贵的抗生素、止血药和营养剂。清洗伤口、喂药、补充流食、驱虫……医疗队员们以极大的耐心和温柔，进行着繁琐的救治。几位年长的、性格温和的女性队员被特意调来，负责日常照料和心理疏导，用轻柔的话语、干净的食物和温暖的毛毯（缴获的），一点点融化他们心中的坚冰。
当第一个被救出的年轻女孩，在昏睡数日后醒来，看到守在一旁的王娟和干净的被褥，而不是冰冷的水牢和狞笑的水鬼时，她愣了几秒，然后猛地缩到床角，瑟瑟发抖。王娟没有靠近，只是轻声说：“别怕，这里很安全。水鬼被打跑了，这里是方舟，我们是来帮你的。”女孩愣愣地看着她，又看看周围整洁（相对而言）的环境，许久，压抑的、如同小兽般的呜咽声才从喉咙里挤出来，继而变成嚎啕大哭。
这哭声仿佛是一个信号，越来越多被救者开始释放压抑已久的恐惧和悲伤，医疗区里时常能听到压抑的哭泣。但哭过之后，眼神里那死灰般的麻木，开始一点点被劫后余生的茫然，以及小心翼翼的、对施救者的依赖和感激所取代。
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